您好，关于您提出的“入职两个月后缴纳公积金是否合法”的问题，我可以为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，根据国务院《住房公积金管理条例》以及相关规定，新参加工作的职工应当从参加工作的第二个月开始缴存住房公积金。这一规定明确了新入职员工公积金缴存的起始时间，即入职后的第二个月。

然而，在实际操作中，也存在一些特殊情况或地区性的政策调整。比如，某些地区或单位可能根据自身的实际情况，对新入职员工的公积金缴存时间有所调整，但这并不意味着可以违反国家的基本规定。另外，从您提供的参考信息中，我也注意到厦门地区对新录用的职工缴存基数核算标准进行了调整，但并未改变新入职员工从第二个月开始缴存公积金的基本原则。

现在，我们回到您的问题本身。如果单位在您入职两个月后才开始为您缴纳公积金，这在一般情况下是不符合国家规定的。因为按照规定，新入职员工应当从第二个月开始缴存公积金。当然，如果单位有合理的解释或特殊情况，并且得到了相关部门的批准或认可，那么这种情况可能属于例外。

但无论如何，作为员工，您都有权了解自己的公积金缴存情况，并确保单位按照国家规定为您缴纳公积金。如果单位存在违规行为，您可以向当地的公积金管理中心进行投诉或咨询，以维护自己的合法权益。

最后，我想强调的是，公积金是员工的一项重要福利，它不仅关系到您的住房消费，还涉及到您的个人收益和税收优惠等方面。因此，建议您密切关注自己的公积金缴存情况，确保单位按照规定为您缴纳公积金。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。