劳务关系确认后，公司支付工伤赔偿款是合法的。下面我详细为您解释这一点：

法律背景

在劳务关系中，如果劳动者因工作原因受到事故伤害或患职业病，并经过工伤认定，那么劳动者就有权获得工伤赔偿。工伤赔偿是用人单位对劳动者因工作原因受到伤害所承担的一种法定责任。

合法性分析

1. 工伤认定：工伤赔偿的前提是工伤认定。只有经过合法的工伤认定程序，确认劳动者所受伤害为工伤，劳动者才有权要求工伤赔偿。

2. 赔偿责任：一旦工伤被认定，用人单位就应当承担工伤赔偿责任。这包括支付医疗费、康复费、停工留薪期间的工资、一次性伤残补助金、伤残津贴等各项费用。

3. 支付义务：用人单位支付工伤赔偿款是其法定义务。如果用人单位拒绝支付或拖延支付，劳动者可以通过法律途径维护自己的合法权益。

实际情况

在您的情况中，劳务关系已经确认，且公司已经支付了工伤赔偿款。这表明公司已经承认了工伤事实，并履行了其赔偿责任。因此，从法律角度来看，公司支付工伤赔偿款是合法的。

总结与建议

综上所述，劳务关系确认后，公司支付工伤赔偿款是合法的。如果劳动者在工伤赔偿过程中遇到任何问题或纠纷，可以及时向劳动监察部门投诉或咨询专业律师（如我）以获取法律帮助。同时，我也建议劳动者在签订劳务合同时，要仔细阅读合同条款，明确双方的权利和义务，以便在发生纠纷时能够更好地维护自己的合法权益。