结论：公司工伤赔偿发到工资里面是否合法，需视具体情况而定。但通常情况下，工伤赔偿中的停工留薪期工资应单独支付，而非与日常工资混同发放，且应确保工伤职工在停工留薪期内原工资福利待遇不变。

法律依据与详细分析

1. 停工留薪期工资的性质：

   • 根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”指的是职工受伤前正常工作状态下的全部工资性收入及福利待遇，包括但不限于基本工资、绩效工资、奖金、津贴补贴等。

2. 工资发放方式：

   • 停工留薪期工资应作为工伤赔偿的一部分，单独支付给工伤职工，以体现其因工伤而暂停工作期间的特殊待遇。虽然法律并未明确规定必须单独发放，但从实践和公平原则出发，将停工留薪期工资与日常工资混同发放可能引发争议，如难以区分哪些是工伤期间的特殊待遇，哪些是日常工资。

3. 合法性判断：

   • 如果公司确实将工伤赔偿（包括停工留薪期工资）以工资的形式发放，但能够清晰区分并确保工伤职工在停工留薪期内原工资福利待遇不变，且符合相关法律法规的规定，那么这种发放方式在法律上可能是被接受的。然而，这种做法并不推荐，因为它可能增加管理成本和法律风险。
   • 如果公司以工资形式发放工伤赔偿，但未能确保工伤职工在停工留薪期内原工资福利待遇不变，或者存在其他违法行为（如故意降低工资标准、未按时支付等），那么这种发放方式就是不合法的。

4. 实践建议：

   • 为了避免争议和法律风险，建议公司单独支付工伤赔偿中的停工留薪期工资，并明确标注为“工伤停工留薪期工资”。
   • 工伤职工在收到工资时，也应仔细核对工资条或相关支付凭证，确保自己的合法权益得到保障。

实例分析

假设职工小张因工伤需要暂停工作接受治疗，停工留薪期为3个月。小张受伤前的月工资为6000元（包括基本工资、奖金等）。根据法律规定，小张在停工留薪期内应继续享受6000元的月工资福利待遇。如果公司选择将这部分工资以“工伤停工留薪期工资”的形式单独支付给小张，并明确标注在工资条上，那么这种做法就是合法的。相反，如果公司只是将6000元混同在日常工资中发放，且未明确标注或说明，那么小张可能会对工资的构成产生疑问，甚至引发争议。

特殊情况考虑

• 如果职工在工伤前的工资收入本身就低于当地最低工资标准，或者工伤期间已享受了生活护理费、伙食补助费等费用，且这些费用已足以弥补工资差额，那么公司可能会按照最低工资标准或相应调整后的工资标准支付停工留薪期工资。但这种情况需要明确的证据和合理的解释来支持。
• 如果职工被合理安排到低薪岗位工作（如因工伤导致部分丧失劳动能力），那么公司可能会根据新的岗位工资标准支付工资。但这也需要符合相关法律法规的规定，并确保工伤职工的合法权益得到保障。

总结与建议：公司工伤赔偿发到工资里面是否合法，需根据具体情况判断。但为了确保工伤职工的合法权益得到保障，并避免争议和法律风险，建议公司单独支付工伤赔偿中的停工留薪期工资，并明确标注。工伤职工在收到工资时也应仔细核对，确保自己的权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。