结论：给对方赔付了并不影响在公司进行工伤认定，工伤认定主要依据的是是否符合工伤认定的条件和程序，与是否已经赔付无关。

详细分析：

1. 工伤认定的基本条件：

   • 根据《工伤保险条例》的规定，职工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，或者在工作时间和工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的，以及在工作时间和工作场所内，因履行工作职责受到暴力等意外伤害的，都应当认定为工伤。
   • 此外，还有其他一些情形，如因工外出期间由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的，上下班途中受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的等，也都可以认定为工伤。

2. 赔付与工伤认定的关系：

   • 赔付，无论是公司赔付还是第三方赔付，都是基于某种法律关系（如侵权责任、合同责任等）而进行的赔偿。这种赔付并不改变工伤认定的基本条件和程序。
   • 工伤认定是由社会保险行政部门根据职工的申请和提供的证据材料，按照法定程序进行的。它关注的是职工是否因工作原因受到伤害，而不是是否已经获得了赔付。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 如果职工已经获得了赔付，但在申请工伤认定时，仍然需要提供相关的证据材料，如医疗证明、事故报告等，以证明其受伤情况和工作原因。
   • 公司应当积极配合职工的工伤认定申请，提供必要的证据材料和支持。如果公司拒绝配合或者故意隐瞒事实，可能会面临法律责任。

4. 可能的法律后果：

   • 如果职工符合工伤认定的条件但未被认定，或者公司拒绝配合工伤认定申请，职工可以通过法律途径维护自己的权益，如申请行政复议或者提起行政诉讼。
   • 如果公司未依法为职工缴纳工伤保险费，导致职工无法享受工伤保险待遇的，公司需要承担相应的赔偿责任。

建议：

• 如果您或者您的同事在工作中受伤，无论是否已经获得了赔付，都应当及时申请工伤认定，以保障自己的合法权益。
• 在申请工伤认定时，务必提供完整的证据材料，并按照法定程序进行申请。
• 如果公司拒绝配合或者故意隐瞒事实，您可以寻求法律援助或者咨询专业律师，以维护自己的权益。

如果您有任何关于工伤认定和赔偿的法律问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和帮助。