当您从原单位离职后，若原单位不配合将您的建造师证书转出，您可以按照以下步骤处理：

首先，根据《注册建造师执业管理办法》的相关规定，注册建造师在申请注销注册或变更注册时，应提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料。因此，您需要确保已经与原单位正式解除了劳动关系，并尽可能获取书面的解聘或离职证明。

如果原单位拒绝出具解聘或离职证明，您可以向当地的劳动仲裁部门或法院提出申诉，请求确认劳动关系的解除，并获取相应的证明材料。这一步是维护您自身权益的关键，因为只有在劳动关系正式解除后，您才能进一步申请注销或变更注册。

在获得解除劳动关系的有效证明材料后，如果原单位仍然不配合办理建造师证书的相关手续，您可以准备一份详细的申请报告。在报告中，您需要注明自己的注册经历、与原单位的纠纷情况，并在报告落款处亲笔签字并按手印，以示负责。

最后，您可以携带这份申请报告以及解除劳动关系的有效证明材料原件和复印件，前往您所在省份的注册中心注册科进行申诉。在那里，工作人员将根据您的具体情况和提供的材料，协助您处理建造师证书的转出事宜。

需要注意的是，不同地区的具体办理流程和要求可能会有所不同。因此，在办理过程中，建议您及时咨询当地住建部门或注册中心的相关工作人员，以确保您的权益得到妥善保障。同时，也请您保持耐心和理性，通过合法途径解决问题。