当机构撤销时，对于“三期”（孕期、产期、哺乳期）女职工的处理，需要遵循相关法律法规，确保合法、合理且人性化。以下是对此问题的详细解答：
一、法律背景与原则
首先，要明确的是，尽管“三期”女职工在法律上享有一定的特殊保护，但在特定情况下，如机构撤销，用人单位可以与其解除劳动关系。然而，这种解除必须严格遵循法律规定，并支付相应的经济补偿。
二、处理流程与注意事项
明确撤销原因与法律依据：
- 机构撤销必须基于合法的理由，如经营不善、市场变化等，并需按照相关法律法规进行撤销程序。
- 在撤销过程中，应明确告知“三期”女职工撤销的原因、法律依据以及后续处理方案。
协商解除劳动关系：
- 优先与“三期”女职工进行协商，看是否能就解除劳动关系达成一致。
- 协商过程中，应充分考虑女职工的实际情况，如孕期、产期的特殊需求，以及哺乳期的照顾义务。
支付经济补偿：
- 根据《劳动合同法》及相关地方性法规（如《江苏省劳动仲裁案件研讨会纪要》等），用人单位需支付“三期”女职工经济补偿金。
- 经济补偿金的具体数额应根据女职工在本单位的工作年限、工资水平等因素确定。
- 同时，还应考虑支付女职工三期内的生活费、产假工资（如未休完产假）、生育费用等。
办理离职手续：
- 在解除劳动关系后，应及时为“三期”女职工办理离职手续，包括社保转移、公积金提取等。
- 确保所有手续合法、合规，避免后续产生纠纷。
人文关怀与后续支持：
- 尽管机构撤销是不可避免的，但用人单位仍应体现人文关怀，为“三期”女职工提供必要的帮助和支持。
- 如可能，可以协助女职工寻找新的工作机会，或提供职业规划、技能培训等支持。
三、法律责任与风险防控
- 用人单位在撤销过程中，必须严格遵守相关法律法规，确保合法、合规地处理与“三期”女职工的劳动关系。
- 如因处理不当导致纠纷或诉讼，用人单位可能需承担更严重的法律责任和经济损失。
综上所述，机构撤销时对于“三期”女职工的处理，需要综合考虑法律、经济、人文等多方面因素。通过明确法律依据、协商解除劳动关系、支付经济补偿、办理离职手续以及提供人文关怀与后续支持等措施，可以确保处理过程的合法、合理与人性化。