核心结论：孕期公司注销时，三期（孕期、产期、哺乳期）女职工的权益保护需结合《劳动合同法》《公司法》及地方性法规综合处理，具体方案如下：

1. 公司注销的合法性审查与责任主体确认

• 清算义务人责任：根据《公司法》第183条，公司注销前需成立清算组，清算义务人（通常为股东、董事或控股股东）未依法履行清算义务导致职工权益受损的，需承担赔偿责任（《公司法司法解释二》第18条）。
• 恶意注销的追责：若公司通过虚假清算报告或未通知债权人（包括职工）的方式注销，三期女职工可主张清算组成员承担赔偿责任，甚至追究股东连带责任（《公司法司法解释二》第19-20条）。

2. 三期女职工的权益保护路径

• 经济补偿与赔偿金：
  • 经济补偿：公司依法注销导致劳动合同终止的，应按《劳动合同法》第44条、第46条支付经济补偿（工作年限×月工资，满6个月按1年计算）。
  • 赔偿金：若公司未支付经济补偿或未依法缴纳社保，女职工可主张赔偿金（标准为经济补偿的2倍）。
• 三期待遇的特殊保护：
  • 孕期工资：公司注销前未支付孕期工资的，女职工可要求清算组从公司剩余财产中优先支付（《公司法》第186条）。
  • 生育津贴与医疗费用：若公司未缴纳生育保险，女职工可要求公司承担生育津贴（按产假前工资标准支付）及生育医疗费用（《女职工劳动保护特别规定》第8条）。
  • 哺乳期工资：哺乳期女职工的工资损失可通过主张经济补偿或赔偿金覆盖，部分地区（如广东）还支持额外赔偿（《广东省实施〈女职工劳动保护特别规定〉办法》第17条）。

3. 实务操作建议

• 证据固定：
  • 收集劳动合同、工资流水、社保缴纳记录、孕期产检证明等材料，证明劳动关系及三期状态。
  • 留存公司注销公告、清算报告等文件，确认清算程序是否合法。
• 维权途径：
  • 劳动仲裁：向公司所在地劳动仲裁委申请仲裁，主张经济补偿、三期待遇及赔偿金。
  • 民事诉讼：若对仲裁结果不服或公司已注销，可直接起诉清算义务人（股东等）要求承担赔偿责任。
  • 行政投诉：向当地劳动监察部门举报公司未依法支付三期待遇的行为。
• 时效注意：劳动仲裁时效为1年（自知道或应当知道权益受损之日起计算），民事诉讼时效为3年，建议尽快行动。

4. 特殊情形处理

• 公司无财产可供执行：若公司注销后无剩余财产，可尝试申请将股东列为被执行人（需证明股东未履行出资义务或存在抽逃出资等行为）。
• 政策性救助：部分地区对困难三期女职工提供临时生活补助或就业帮扶，可咨询当地妇联或人社部门。

总结：三期女职工在公司注销时享有优先保护权，需通过法律途径主张经济补偿、三期待遇及赔偿金。建议尽快委托律师介入，通过劳动仲裁或诉讼锁定责任主体，最大限度维护权益。如有进一步问题，可直接向我咨询具体操作细节。