针对员工提交离职申请后流程已经走完但又不愿离职的情况，处理起来需要遵循相关法律法规，并兼顾公司规定与员工权益。以下是对此问题的详细解答：
一、法律法规依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条的规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这意味着，劳动者在提前通知并经过一定期限（三十日）后，有权单方面解除劳动合同。然而，这一权利属于形成权，即解除的意思一经到达对方即发生法律效力。因此，在劳动者提交离职申请并经过公司审批后，离职流程即开始执行，且通常不可撤销。
二、处理流程与建议
明确离职流程：
- 首先，公司应明确离职流程的具体步骤和时间节点，确保员工在提交离职申请时能够充分了解并遵循。
- 离职流程应包括员工提交离职申请、部门审批、人事部门确认、离职手续办理等环节。
沟通了解原因：
- 当员工在离职流程已经走完后表示不愿离职时，公司应首先与员工进行深入的沟通，了解其改变主意的原因。
- 这有助于公司判断员工是否确实有意继续留在公司，以及是否有可能通过调整工作岗位、薪资待遇等方式挽留员工。
评估挽留可能性：
- 根据员工的离职原因和公司实际情况，评估挽留员工的可能性。
- 如果员工因个人原因或对公司的不满而提出离职，公司可以考虑通过改善工作环境、提供职业发展机会等方式来挽留员工。
协商解决方案：
- 如果挽留员工不可行或员工坚持离职，公司应与员工协商解决方案。
- 这可能包括员工继续完成离职手续、公司支付相应的经济补偿等。
遵循法律程序：
- 在整个处理过程中，公司应确保遵循相关法律法规和劳动合同的规定。
- 如果员工提出的要求不符合法律规定或劳动合同约定，公司应依法进行解释和说明。
记录与备案：
- 公司应详细记录整个处理过程，包括与员工的沟通记录、协商结果等。
- 这些记录可以作为未来处理类似情况的参考，也有助于维护公司的合法权益。
三、注意事项
- 尊重员工意愿：虽然员工在离职流程已经走完后表示不愿离职可能会给公司带来一定的困扰，但公司应尊重员工的意愿，并尽力协商解决方案。
- 避免强行挽留：如果员工坚持离职且无法挽留，公司应避免强行挽留或采取不当手段阻止员工离职。这可能会损害公司的声誉和员工的权益。
- 关注法律风险：在处理此类情况时，公司应密切关注法律风险，确保所有操作都符合法律法规和劳动合同的规定。
综上所述，处理员工提交离职申请后流程已经走完但又不愿离职的情况需要谨慎而周到。公司应遵循相关法律法规和劳动合同的规定，与员工进行深入的沟通和协商，以寻求最佳的解决方案。