核心结论：员工递交辞职申请后不愿离职，企业需根据具体情况采取不同措施，主要分为“员工辞职申请合法有效但反悔”和“辞职申请存在瑕疵或无效”两种情形处理。以下是具体分析：

1. 若员工辞职申请合法有效，但反悔不愿离职

根据《劳动合同法》第三十七条，员工提前30日（试用期3日）以书面形式通知企业后，辞职权即生效，企业无权拒绝。此时：

• 企业操作：

  • 明确告知员工辞职申请已生效，要求其按约定办理离职手续（如工作交接、社保减员等）；
    
  • 若员工拒不配合，企业可依据规章制度（如旷工、拒不交接等）按违纪处理，甚至解除劳动合同（需确保制度合法且已公示）；
    
  • 若员工主张“辞职非真实意思表示”（如受胁迫、欺诈），需由员工举证，否则企业无需妥协。

• 风险提示：
  企业不得以“扣留档案”“拒开离职证明”等方式强迫员工继续工作，否则可能面临赔偿（如《劳动合同法》第八十九条）。

2. 若辞职申请存在瑕疵或无效情形

若员工辞职申请因程序或内容问题未生效（如未书面形式、未提前30日、因企业过错被迫辞职等），企业需谨慎处理：

• 程序瑕疵：
  若员工仅口头辞职或未满30日，企业可要求其补正书面申请并继续工作至期限届满；若员工拒绝，企业可按旷工处理（需制度支持）。
  
• 被迫辞职：
  若员工因企业未足额支付工资、未缴社保等违法行为提出辞职（依据《劳动合同法》第三十八条），企业需立即纠正违法行为，否则员工有权立即离职并主张经济补偿。
  
• 特殊情形：
  如员工因重大误解（如误以为被降薪）提交辞职，可依据《民法典》第一百四十七条申请撤销，但需在知道撤销事由后90日内提出。

3. 实务建议

• 企业端：
  
  • 完善辞职流程（如要求员工签字确认书面申请、留存送达证据）；
    
  • 制定合法合规的离职管理制度（如交接流程、违纪处理条款）；
    
  • 遇争议时及时沟通，避免矛盾升级。
    
• 员工端：
  
  • 辞职前谨慎评估，避免冲动离职；
    
  • 若反悔，尽量与企业协商撤销申请；
    
  • 保留辞职证据（如邮件、签字文件），防范企业拒不办理离职的风险。

总结：员工辞职后反悔的处理需结合辞职申请的合法性、程序瑕疵及双方过错综合判断。企业应优先通过沟通协商解决，若无法达成一致，需依法依规处理，避免法律风险。如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。