首先，我们来明确一下你的核心问题：你在合同中的日薪是250元，但实际收到的是预付工资5000元，现在你想了解辞职后工资应如何计算，对吧？

针对这个问题，我会从以下几个方面来为你详细解答：

1. 预付工资的性质：

   • 预付工资通常是为了保障员工在生活上的需要，提前支付的一部分工资。它并不是你实际工作的全部报酬，而是根据合同或公司规定提前给付的。

2. 工资计算方式：

   • 你的合同日薪是250元，那么实际工资应按照你实际工作的天数来计算。例如，如果你工作了20天，那么应得工资就是250元/天 * 20天 = 5000元。
   • 如果预付的5000元已经覆盖了你实际工作的天数所对应的工资，那么在辞职时，你可能不会额外获得工资（除非有未结算的加班、奖金等其他收入）。
   • 如果预付的5000元不足以覆盖你实际工作的天数所对应的工资，那么在辞职时，公司应补发你差额部分的工资。

3. 辞职后的结算：

   • 在辞职时，你需要与公司进行工资结算。公司会根据你实际工作的天数和合同约定的日薪来计算你应得的工资总额。
   • 如果预付的工资多于你应得的工资，公司可能会要求你退还多出的部分；如果预付的工资少于你应得的工资，公司应补发差额。

4. 建议：

   • 在辞职前，最好与公司的人力资源部门或财务部门进行沟通，明确你的工资结算情况和预付工资的抵扣方式。
   • 确保你的辞职手续齐全，避免因手续问题导致工资结算出现延误或纠纷。

综上所述，辞职后的工资计算主要依据你实际工作的天数和合同约定的日薪来进行。预付工资只是提前支付的一部分，实际结算时还需根据具体情况进行调整。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。