个税退税款被公司扣除是否合法，需具体情况具体分析。

首先，我们要明确个税退税款的性质。个税退税款是税务机关根据税法规定，对纳税人多缴纳的税款进行退还的款项，它属于纳税人的个人财产。

接下来，我们分析公司扣除个税退税款的合法性：

1. 若公司无权扣除：在大多数情况下，公司并没有法律上的依据来扣除员工的个税退税款。因为退税款是员工个人的财产，公司无权擅自处理或扣除。如果公司未经员工同意就扣除退税款，这可能构成对员工财产的侵犯，员工有权要求公司返还。

2. 若公司有权扣除的特殊情况：在某些特殊情况下，公司可能根据与员工之间的约定或相关法律规定，有权扣除部分或全部退税款。例如，如果员工与公司之间存在明确的书面协议，约定退税款需用于偿还公司垫付的税款或其他相关费用，那么公司在这种情况下扣除退税款可能是合法的。但这种情况需要具体证据和法律依据来支持。

综上所述，个税退税款被公司扣除是否合法，取决于公司是否有权进行这样的扣除。如果公司无权扣除，员工可以依法要求公司返还退税款；如果公司有权扣除，也需要确保扣除行为符合相关法律规定和双方约定。

因此，建议你先与公司沟通了解扣除的具体原因和依据，如果认为公司的扣除行为不合法或不合理，可以寻求法律援助或向相关部门投诉以维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。