公司申报个税后又扣除全部工资的行为，一般是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
法律角度
根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人所得税是调整纳税义务人因多获得而产生的个人所得税收的税收制度，工资、薪金所得属于个人所得税的征税范围。公司作为扣缴义务人，有义务按照法律规定代扣代缴员工的个人所得税，并将税款上缴至税务机关。然而，公司代扣代缴个人所得税后，无权再扣除员工的全部工资。员工的工资是其劳动所得，扣除个人所得税后，剩余部分应全额支付给员工。
如果公司扣除全部工资，可能涉及以下违法行为：
未足额支付劳动报酬：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。公司扣除全部工资，显然违反了这一规定。
违法代扣代缴：虽然公司有代扣代缴个人所得税的义务，但代扣代缴的税款应仅限于个人所得税部分，不得扩大至员工的全部工资。公司若以此为由扣除全部工资，属于违法代扣代缴行为。
实际操作角度
在实际操作中，如果公司申报个税后又扣除全部工资，员工可以采取以下措施：
与公司协商：首先，员工可以尝试与公司进行协商，了解公司扣除工资的具体原因，并要求公司按照法律规定支付剩余工资。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查，并责令公司改正违法行为。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门无法解决问题，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
可能的法律后果
如果公司被认定存在扣除全部工资的违法行为，可能面临以下法律后果：
补发工资及赔偿金：公司需要补发被扣除的工资，并可能需要根据员工的损失情况支付赔偿金。
行政处罚：劳动监察部门有权对公司进行行政处罚，包括罚款、责令改正等。
信用受损：公司的违法行为可能被记录在信用系统中，影响公司的信用评级和声誉。
建议：如果你遇到公司申报个税后又扣除全部工资的情况，建议首先与公司进行协商，了解具体原因并要求公司改正。如果协商无果，可以及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼，以维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。