针对“双方协商解除超过55岁的员工怎么赔偿”这一问题，以下是详细的解答：

结论前置：

双方协商解除超过55岁的员工时，赔偿方式主要依据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规来确定。具体赔偿标准按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

详细分析：

1. 合法解除劳动合同的赔偿：

   • 协商解除：用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同的，应支付经济补偿金。经济补偿金的计算方式如上所述，即按工作年限每满一年支付一个月工资。

   • 特殊保护规定：值得注意的是，对于在本单位连续工作满十五年且距法定退休年龄不足五年的员工，用人单位在协商解除时需特别谨慎，因为这类员工享有特殊的保护规定。

2. 经济补偿金的计算基数：

   • 经济补偿金的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
   • 如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

3. 违法解除劳动合同的赔偿：

   • 若用人单位违反法律规定解除劳动合同（如未与劳动者协商一致或未按照法定程序进行），应按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。

4. 其他注意事项：

   • 在处理此类问题时，还需考虑员工的退休年龄、劳动合同类型以及是否存在过错等因素，这些因素可能影响最终的赔偿结果。
   • 双方协商解除时，应确保协商过程合法、公正，并留下书面证据，以避免后续的法律纠纷。

总结：

双方协商解除超过55岁的员工时，赔偿标准主要依据劳动合同法及相关法律法规来确定。具体赔偿金额需根据员工的工作年限、月工资水平以及是否存在特殊保护规定等因素来综合计算。建议用人单位在协商解除时务必遵守法律法规，确保协商过程的合法性和公正性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。