起诉单位补缴社会保险滞纳金应由用人单位承担。以下是对此问题的详细分析：
一. 滞纳金承担主体
- 用人单位责任：根据《中华人民共和国社会保险法》及相关规定，用人单位应当按时足额缴纳社会保险费。若用人单位未按时缴纳，社保经办机构会责令其限期缴纳，并从欠缴之日起按日加收滞纳金。因此，滞纳金是因用人单位未按时缴纳社保费而产生的，理应由用人单位承担。
- 劳动者无需承担：劳动者作为社保关系的另一方，其义务是提供劳动并享受社保待遇，而无需承担因用人单位未按时缴纳社保费而产生的滞纳金。
二. 法律依据
- 《中华人民共和国社会保险法》：该法明确规定了用人单位应当按时足额缴纳社会保险费的义务，以及未按时缴纳时应承担的法律责任，包括加收滞纳金。
- 相关行政法规及地方性法规：这些法规通常也会细化社保费的缴纳规定，并明确滞纳金的计算方法和承担主体。虽然具体表述可能有所不同，但均强调了用人单位应按时缴纳社保费，并承担因未按时缴纳而产生的滞纳金。
三. 实例说明
- 例如，某公司因经营困难，未按时为员工缴纳社保费。后来，在社保经办机构的催缴下，该公司不仅需要补缴欠缴的社保费，还需按日支付滞纳金。在这个例子中，滞纳金是由用人单位（即该公司）承担的，而不是由劳动者承担。
综上所述，起诉单位补缴社会保险滞纳金应由用人单位承担。这是基于用人单位应按时缴纳社保费的法定义务，以及因未按时缴纳而产生的滞纳金应由责任方（即用人单位）承担的法律原则。