不能按两小时支付工资。下面我将从法律角度详细解释这一结论：

法律解释

1. 劳动关系的认定：

   • 根据劳动法的相关规定，劳动关系的建立并不完全依赖于书面的劳动合同，而是基于实际的工作提供和劳动报酬的支付。即使公司没有明确的证据证明员工只工作了两小时，也不能仅凭此就按照两小时来支付工资。

2. 工资支付的原则：

   • 工资是劳动者提供劳动的报酬，应当按照劳动者实际提供的劳动量来支付。如果公司无法证明员工只工作了两小时，那么就不能单方面决定只支付两小时的工资。

3. 举证责任：

   • 在劳动争议中，用人单位承担主要的举证责任。如果公司主张员工只工作了两小时，那么它需要提供充分的证据来支持这一主张。如果公司无法提供证据，那么其主张将不被支持。

实际操作建议

1. 与用人单位沟通：

   • 首先，建议员工与用人单位进行沟通，了解公司为何提出只支付两小时工资的主张，并尝试达成共识。

2. 保留证据：

   • 员工应该保留所有与工作时间和工资支付相关的证据，如打卡记录、工作日志、工资条等。这些证据在后续的争议解决中可能会起到关键作用。

3. 申请劳动仲裁：

   • 如果无法与用人单位达成共识，员工可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁过程中，员工可以提交自己的证据来支持自己的主张，并要求公司按照实际提供的劳动量来支付工资。

综上所述，公司不能仅凭没有证据证明员工只工作了两小时就按照两小时来支付工资。员工应该积极维护自己的合法权益，与用人单位进行沟通并保留相关证据，必要时可以申请劳动仲裁来维护自己的权益。