民事调解书中已明确逾期利息计算方式，在执行阶段可以向执行法院申请执行逾期，但不能同时要求被执行人按照民事诉讼法的规定承担迟延履行期间的加倍部分债务利息。具体分析如下：

民事调解书，作为司法机关赋予强制执行力的协议，其本质仍具备合同性质。当负有给付义务的一方未能按调解书的约定履行义务时，债权人有权依据民事调解书向法院申请执行。关于逾期利息的执行，需根据调解书的具体内容来确定。

若民事调解书中已明确约定了逾期利息的相关内容，包括计算方式、支付时间等，则债权人可按照调解书的约定，向执行法院申请执行逾期利息。此时，执行法院会依据调解书的约定，对逾期利息进行审查和判断，并依法保障债权人的合法权益。

然而，需要注意的是，虽然民事诉讼法规定了迟延履行责任，即在被执行人未按判决、裁定和其他法律文书指定的期间履行给付金钱义务时，应当加倍支付迟延履行期间的债务利息，但在民事调解书的执行中，这一规定并不当然适用。因为民事调解书中的逾期利息约定，实质上已经是对被执行人迟延履行的一种惩罚和约束。因此，在调解书已明确逾期利息计算方式的情况下，债权人不能再同时要求被执行人按照民事诉讼法的规定承担迟延履行期间的加倍部分债务利息。

综上所述，民事调解书中已明确逾期利息计算方式的，在执行阶段可以向执行法院申请执行逾期，但应严格按照调解书的约定执行，不能同时要求被执行人承担迟延履行期间的加倍部分债务利息。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。