法院不可以仅以案外人的起诉实质是在否定生效仲裁裁决为由不予受理案外人起诉。下面我详细解释一下这个结论：

首先，我们要明确一点，案外人起诉与申请不予执行仲裁裁决是两个不同的法律程序。案外人起诉是基于其自身的合法权益受到侵害而向法院提起的诉讼，而申请不予执行仲裁裁决则是在仲裁裁决生效后，案外人认为执行该裁决会损害其合法权益，向法院申请停止执行该裁决。

对于案外人的起诉，法院应当根据其起诉的内容和理由进行审查，看是否符合起诉条件。如果案外人的起诉符合起诉条件，即使其实质上是在否定生效仲裁裁决，法院也不能仅仅以此为由不予受理。因为法院的职责是审理案件，保护当事人的合法权益，而不是对仲裁裁决进行二次审查或评价。

当然，如果案外人的起诉确实涉及到生效仲裁裁决的效力问题，法院在审理过程中可能会涉及到对仲裁裁决的审查和评价。但这并不意味着法院可以以此为由拒绝受理案外人的起诉。相反，法院应当依法审理案件，对仲裁裁决的效力进行审查，并根据审查结果作出相应的判决或裁定。

综上所述，法院不能以案外人的起诉实质是在否定生效仲裁裁决为由不予受理案外人起诉。如果案外人的起诉符合起诉条件，法院应当依法受理并审理案件。