在工地工作三个多月后离职，扣除体检费是否合理，需根据具体情况分析。下面我从几个角度为你详细解析：

1. 合同约定：首先，要查看你与工地雇主之间签订的劳动合同或相关协议中，是否有关于体检费用承担及离职后扣除的明确条款。如果合同中有明确规定，且该规定不违反法律法规，那么雇主按照合同约定扣除体检费可能是合理的。

2. 法律法规：其次，要考虑相关法律法规的规定。在我国，劳动法等相关法律法规并未明确规定体检费用的承担问题。因此，如果合同中没有明确约定，雇主单方面扣除体检费可能缺乏法律依据。

3. 公平原则：从公平原则出发，如果你在职期间已经按照雇主的要求进行了体检，且该体检并非为了特定岗位或特定任务而进行的特殊体检（如职业病体检），那么在你离职后，雇主通常没有理由再扣除这部分费用。因为体检已经进行，且你并未因体检结果而获得额外利益或造成雇主损失。

4. 实际情况：最后，还需要考虑实际情况。比如，如果体检费用是由雇主提前垫付，且在你离职时确实尚未结算，那么雇主有权要求你支付这部分费用。但如果是雇主为了招聘而进行的常规体检，且并未提前告知你离职后会扣除费用，那么扣除体检费可能就不合理。

综上所述，扣除体检费是否合理取决于多种因素，包括合同约定、法律法规、公平原则以及实际情况等。如果你认为雇主扣除体检费不合理，可以与雇主进行沟通协商，或者向当地劳动监察部门投诉寻求帮助。