结论：员工离职时，用人单位扣除体检费是否合理，需根据具体情况判断，一般情况下，若体检费属于用人单位为员工提供的福利或非因员工原因产生的必要费用，用人单位不得扣除；若体检费属于员工入职时约定由员工承担的费用，且符合相关法律规定，用人单位可能可以扣除，但需注意扣除的合法性和合理性。
一、体检费属于用人单位福利或非因员工原因产生的必要费用时，不得扣除
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当为劳动者提供必要的劳动条件，包括劳动安全卫生条件，并承担相应的费用。体检作为保障员工健康、预防职业病的重要措施，通常被视为用人单位应承担的义务。
实践分析：
- 若体检是用人单位组织的年度体检或入职体检（且未明确约定由员工承担费用），则体检费应由用人单位承担。员工离职时，用人单位不得以此为由扣除员工工资或福利。
- 若体检费是因工作需要（如接触职业病危害因素）而产生的必要费用，同样应由用人单位承担。
二、体检费属于员工入职时约定由员工承担的费用，且符合相关法律规定时，可能可以扣除
约定优先原则：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定其他事项，包括费用的承担。若双方在劳动合同或入职协议中明确约定体检费由员工承担，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，则用人单位可能可以扣除。
合法性和合理性审查：
- 合法性：扣除体检费必须基于双方明确的约定，且该约定不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，若约定违反了最低工资标准、工资支付规定等，则该约定无效。
- 合理性：即使双方有约定，用人单位扣除体检费也应合理。例如，扣除的金额应与实际体检费用相符，不得随意提高或降低；扣除的时间应在员工离职时一次性扣除，不得分期扣除或从其他工资中扣除。
实践建议：
- 用人单位在约定体检费承担时，应明确告知员工并征得其同意，避免后续纠纷。
- 员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解体检费等费用的承担情况，如有疑问应及时向用人单位咨询或提出异议。
三、特殊情况下的处理
- 员工因个人原因离职且未履行完约定服务期：若双方约定了服务期，并明确约定在服务期内离职需承担体检费等费用，则员工可能需按约定承担相应费用。但同样需注意约定的合法性和合理性。
- 用人单位违法扣除体检费：若用人单位未经员工同意或违反约定扣除体检费，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位返还被扣除的费用并承担相应法律责任。
总结与建议：员工离职时，用人单位扣除体检费是否合理需根据具体情况判断。建议双方在签订劳动合同时明确约定体检费等费用的承担情况，以避免后续纠纷。如有任何疑问或争议，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。