公司体检扣工时一般是不合理的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

• 工时规定：根据我国相关劳动法律法规，劳动者享有正常的工作时间和休息休假权利。公司安排体检，通常是公司为了员工健康考虑而组织的一项福利活动，并非员工个人原因导致的缺勤。因此，将体检时间扣除工时，相当于变相缩短了员工的工作时间，这可能违反了关于工时和工资支付的相关规定。
• 工资支付：如果公司因为体检而扣除员工工时，并进而减少工资支付，这可能构成克扣工资的行为。根据《工资支付暂行规定》等相关法规，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

实际操作角度

• 体检性质：体检是公司为了员工健康和公司长远发展而进行的投资，其费用通常由公司承担。将体检时间计入工时，并支付相应工资，是公司对员工劳动的一种尊重和补偿。如果扣除工时，可能会让员工感到不被尊重，影响工作积极性和团队凝聚力。
• 员工权益：员工有权享受公司提供的各项福利，包括体检。如果公司因为体检而扣除工时，实际上是在剥夺员工的部分福利权益，这可能引发员工的不满和投诉。

特殊情况处理

• 自愿参加：如果体检是员工自愿参加的，且公司明确告知体检时间不计入工时，员工在知情的情况下仍然选择参加，那么公司扣除工时可能有一定的合理性。但即便如此，公司也应该考虑给予员工一定的补偿或调休，以体现对员工权益的尊重。
• 工作安排：如果体检时间确实与工作时间冲突，且无法安排调休或补班，公司可以与员工协商，在双方达成一致的情况下，对工时进行适当调整。但这种调整应该是公平、合理的，且不得损害员工的合法权益。

建议：

• 如果你遇到公司因体检扣除工时的情况，首先可以与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解公司的具体政策和原因。
• 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

在处理此类问题时，请务必保留好相关证据，如体检通知、工时记录、工资单等，以便在需要时提供证明。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。