起诉期间公司补发工资是否合法，主要取决于劳动关系的存续情况以及劳动者是否提供了正常劳动。以下是对这一问题的详细分析：
劳动关系存续期间且劳动者正常提供劳动：
- 如果劳动者与用人单位的劳动关系仍然存续，并且劳动者按照劳动合同约定正常提供了劳动，那么根据《中华人民共和国劳动法》第五十条和《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资，不得克扣或者无故拖欠。因此，在这种情况下，公司补发工资是合法的，也是必须的。
劳动关系存续期间但劳动者未提供正常劳动：
- 如果劳动者因工伤、病假等合法原因未能提供正常劳动，工资的发放需根据具体的法律法规和企业的规章制度来确定。若劳动者符合公司规定请假流程，用人单位应按相应标准（如病假工资）支付工资。
- 如果劳动者无故未提供劳动，用人单位可以根据公司的规章制度和法律法规来处理，可能不支付工资或按照最低工资标准支付。
劳动关系解除或终止时：
- 如果劳动者与用人单位的劳动关系在起诉期间已经解除或终止，且解除或终止合法，那么用人单位通常无需再支付工资。
- 但如果劳动者主张用人单位解除劳动关系违法，并最终判定用人单位解除违法，那么用人单位可能需要补发诉讼期间的工资，以及支付相应的经济补偿或赔偿金。
其他争议情况：
- 当起诉争议并非直接围绕劳动关系的存续或解除，而是诸如加班工资、福利待遇等问题时，如果劳动者正常出勤工作，用人单位必须发放起诉期间的正常工资。
综上所述，起诉期间公司补发工资是否合法，需要根据具体情况来判断。如果劳动关系存续且劳动者正常提供劳动，或者虽然未提供正常劳动但符合法律法规和公司规章制度的规定，那么公司补发工资是合法的。如果劳动关系已经解除或终止，或者劳动者未提供正常劳动且不符合公司规章制度的规定，那么公司补发工资的合法性就需要根据具体情况来分析了。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。