公司起诉员工退还预发工资是否合法，这并非一个简单的是非问题，而是需要依据具体情况和法律规定来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：
一、合法情形
预发工资性质明确且存在约定：
- 如果公司与员工在劳动合同或相关协议中明确约定了预发工资的性质（如预支、借款等），并且约定了退还的条件和方式，那么当这些条件成就时，公司起诉员工退还预发工资是合法的。例如，双方约定预发工资为借款，员工在离职时需归还，若员工未归还，公司则有权通过法律途径追讨。
员工存在过错或违约行为：
- 如果员工因自身过错或违约行为导致公司遭受损失，且预发工资与这些损失存在直接关联，公司可能有权要求员工退还部分或全部预发工资。例如，员工在预发工资后擅自离职，给公司造成了经济损失，公司可能根据劳动合同或公司规章制度要求员工退还预发工资作为赔偿。
二、不合法情形
预发工资作为正常工资支付：
- 如果公司预发的工资实际上是员工应得的正常工资，且没有明确的约定或法律规定要求员工退还，那么公司起诉员工退还预发工资则是不合法的。因为工资是员工提供劳动后应得的报酬，公司无权要求员工退还。
公司滥用权利或违反法律规定：
- 如果公司以不合理的理由要求员工退还预发工资，或者违反了相关法律法规的规定（如未按时足额支付工资、未签订劳动合同等），那么公司起诉员工退还预发工资也是不合法的。在这种情况下，员工有权拒绝公司的要求，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
三、法律建议
审查劳动合同和相关协议：
- 员工应仔细审查自己与公司签订的劳动合同和相关协议，了解预发工资的性质、退还条件和方式等约定。如果存在不明确或模糊的条款，应及时与公司沟通并明确。
保留相关证据：
- 员工应保留与预发工资相关的所有证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同、协议等。这些证据在后续可能发生的法律纠纷中将起到关键作用。
寻求法律帮助：
- 如果员工对公司要求退还预发工资的行为存在疑问或争议，应及时寻求法律帮助。可以咨询专业律师或向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁，以维护自己的合法权益。
总结来说，公司起诉员工退还预发工资是否合法取决于具体情况和法律规定。员工在面对此类问题时，应保持冷静并仔细审查相关证据和约定，必要时寻求法律帮助以维护自己的权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。