结论：公司变更合同并提出退回原来发放的工资，这一行为是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但若符合法定或约定条件则可能合法。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况下不合法
合同变更的法定原则：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则，且不得违反法律、行政法规的规定。公司单方面变更合同内容，包括工资条款，并要求退回已发放的工资，通常违反了这一原则。
工资支付的法定要求：
- 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，公司应当按照劳动合同约定的时间和方式支付工资。一旦工资已经发放，除非存在法定或约定的扣除情形，否则公司无权要求退回。
二、符合法定或约定条件时可能合法
法定扣除情形：
- 如果劳动者存在违反公司规章制度、造成公司损失等法定扣除工资的情形，公司可以根据相关规定扣除部分或全部工资。但这种情况下，扣除的工资应当有明确的法律依据和合理的计算方式，且不能要求退回已经发放的工资，而是从后续工资中扣除或要求劳动者赔偿。
约定变更情形：
- 如果劳动合同中明确约定了公司可以在特定条件下变更工资条款，并且这种变更不违反法律、行政法规的规定，同时双方已经就变更内容达成一致意见，那么公司变更合同并提出调整工资（而非退回已发放工资）可能是合法的。但即便如此，要求退回已发放的工资仍然缺乏法律依据。
三、特殊情况分析
- 公司错误发放工资：
- 如果公司由于自身原因错误地发放了工资（如多发了工资），那么公司有权要求劳动者退回多发的部分。但这种情况并不属于合同变更的范畴，而是基于不当得利的法律关系。
四、法律建议
审查劳动合同：
- 劳动者应仔细审查劳动合同中的工资条款和变更条款，了解自己的权利和义务。
与公司协商：
- 如果公司提出变更合同并要求退回工资，劳动者应与公司进行协商，明确变更的内容和原因，以及是否符合法定或约定的条件。
寻求法律援助：
- 如果协商无果或公司行为明显违法，劳动者可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁，以维护自己的合法权益。
总结：公司变更合同并提出退回原来发放的工资，在一般情况下是不合法的。但如果存在法定扣除情形或劳动合同中有明确约定，并且符合相关法律规定和程序要求，公司可能有权调整工资（但非退回已发放工资）。劳动者在面对这种情况时，应仔细审查合同、与公司协商，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。