总经理助理如果未签订书面劳动合同，能否主张二倍工资差额，需具体情况具体分析。
一般情况下可主张二倍工资差额：
- 根据《劳动合同法》第八十二条第一款规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这一规定同样适用于总经理助理这一职位，除非存在特殊情况。
特殊情况下可能无法主张：
- 如果总经理助理的工作职责包括人事管理工作，且其以实际行动（如拒绝签订劳动合同或未提醒公司签订）认可了双方不签订劳动合同的状态，那么其后续要求支付二倍工资差额的请求可能不会得到支持。这是因为，作为管理层人员，其应当熟知劳动合同的相关规定，并负有管理责任。
- 另外，如果用人单位能够提供证据证明曾要求与总经理助理签订劳动合同，但因其个人原因（如不愿意签订或提出其他条件）导致未签订，那么用人单位也可能无需支付二倍工资差额。
举证责任与法院判断：
- 在实际案例中，法院会综合考虑双方提供的证据和陈述，判断未签订劳动合同的原因和责任归属。如果用人单位无法提供证据证明其曾要求签订劳动合同或总经理助理拒绝签订，那么用人单位将承担举证不能的不利后果，即可能需要支付二倍工资差额。
综上所述，总经理助理如果未签订书面劳动合同，能否主张二倍工资差额取决于具体情况。如果其工作职责不包括人事管理工作，且用人单位无法证明曾要求签订劳动合同或总经理助理拒绝签订，那么总经理助理有权主张二倍工资差额。反之，如果其工作职责包括人事管理工作或用人单位能够提供相应证据，那么其主张可能无法得到支持。如有具体法律问题或需要进一步咨询，请直接向我提问。