社保稽核过程中如双方发生劳动争议，案件应继续进行。以下是详细分析：

一. 社保稽核与劳动争议的独立性

1. 社保稽核的独立性：社保稽核是社会保险经办机构依法对社会保险费缴纳情况和社会保险待遇领取情况进行的核查，它有其独立的程序和规定。
2. 劳动争议的独立性：劳动争议是劳动者与用人单位之间因劳动权利义务而发生的纠纷，它同样有其独立的解决机制，如协商、调解、仲裁和诉讼等。

• 例如，一家企业在接受社保稽核时，发现其存在未足额缴纳社保费的情况。同时，企业与员工之间也因工资问题发生了劳动争议。这时，社保稽核应继续进行，不受劳动争议的影响。

二. 法律依据

• 根据《社会保险法》的相关规定，社会保险经办机构负责社会保险登记、个人权益记录、社会保险待遇支付等工作，并有权对缴费单位履行社会保险缴费义务的情况进行稽核。这一规定明确了社保稽核的独立性和权威性，不受其他因素（包括劳动争议）的干扰。

三. 案件继续进行的理由

1. 保障社保制度的正常运行：社保稽核是保障社会保险制度正常运行的重要环节，它关系到广大参保人员的切身利益。因此，即使发生劳动争议，也不能影响社保稽核的正常进行。
2. 避免法律程序的混乱：将社保稽核与劳动争议混为一谈，可能会导致法律程序的混乱和效率的降低。两者应分别处理，各司其职。

我建议：在社保稽核过程中，如果双方发生劳动争议，应坚持社保稽核的独立性，继续进行稽核工作。同时，双方可以另行通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决劳动争议。如有进一步需要，您可以继续咨询我。