两个受雇单位重复扣除5000元，对方公司不会直接知道。但这种情况可能通过税务系统的监测被间接发现。以下是详细分析：

一. 个税扣除的独立性

1. 公司无法直接查看其他公司员工的个税信息：根据《中华人民共和国个人所得税法》的相关规定，个人所得税是以个人为纳税义务人进行申报和缴纳的。每个纳税义务人都需要按照法律规定的时间和程序，向税务机关报送自己的纳税申报表，并缴纳相应的税款。在这个过程中，税务机关有义务保护纳税人的隐私信息，不会将其泄露给其他机构或个人。因此，两家公司之间无法直接查看对方的个税扣除情况。

2. 金税系统的监测作用：虽然公司之间无法直接查看对方的个税信息，但税务部门通过金税系统可以对个人的纳税情况进行监测。如果一个人同时在两家单位任职并申报个人所得税，且都扣除了5000元/月的基本费用，金税系统会自动发现这种重复扣除的情况。

二. 重复扣除的后果

1. 税务局的介入：一旦金税系统发现重复扣除的情况，税务局会介入调查，并要求用人单位或个人进行更正。税务局可能会要求只在一个单位扣除5000元的基本费用，并可能会要求企业去更正申报。

2. 可能面临的法律后果：对于未履行代扣代缴义务的单位，税务机关可能会根据《税收征管法》的相关规定，认定其“未依法申报”，并面临罚款的风险。

三. 个人责任与建议

1. 如实申报收入：作为纳税人，有责任如实向税务部门申报自己的全部收入。如果在多家单位任职并领取工资，需要在年度汇算清缴时进行合并申报，以确保税务申报的准确和完整。

2. 合理规划个税扣除：为了避免重复扣除和可能的税务风险，个人可以合理规划个税扣除方式。例如，可以选择在一处扣除5000元的基本费用，在另一处扣除专项附加扣除等。但请注意，这种规划需要在法律允许的范围内进行，并避免利用税法漏洞进行筹划。

我的观点：虽然两个受雇单位重复扣除5000元时对方公司不会直接知道，但这种情况可能通过税务系统的监测被间接发现。因此，建议个人和用人单位都遵守税法规定，如实申报和缴纳个人所得税，以避免可能的税务风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。