如果个人在两个受雇单位都扣除了5000元的减除费用，但其中一家单位的工资低于5000元，应尽快选择在其中一家单位进行扣除，并通知另一家单位停止扣除。以下是具体的分析：

一. 重复扣除5000元的问题

• 根据《财政部税务总局关于2018年第四季度个人所得税减除费用和税率适用问题的通知》(财税〔2018〕98号)，个人在两处及以上单位任职的，可以选择在一处扣除5000元/月的减除费用，另一处则不做扣除。
• 如果两家单位都扣除了5000元，那么在个人年度汇算时，可能会因为重复扣除而需要补税。

二. 一家工资低于5000元的情况

• 如果其中一家单位的工资低于5000元，实际上在这家单位扣除5000元并没有实际意义，因为工资本身就不足5000元，无需缴纳个人所得税。
• 因此，建议选择在工资较高的那家单位进行5000元的减除费用扣除。

三. 如何处理

1. 与单位沟通：尽快与两家单位沟通，明确选择在哪家单位扣除5000元的减除费用，并通知另一家单位停止扣除。
2. 更正申报：如果已经发生了重复扣除，且员工继续在本单位任职，可以不更正之前的申报，但在后续申报中需确保正确扣除。系统会累计计算减除费用并扣除个税，之前少缴的税额会在后续月份补缴上来，且没有滞纳金。

四. 注意事项

• 个人所得税是以所得人为纳税人，以支付所得的单位为扣缴义务人。因此，工资是谁支付、谁申报，不能由其他单位代申报。
• 如果不及时处理重复扣除的问题，可能会在个人年度汇算时产生补税的情况。

我建议您尽快与两家单位沟通，明确扣除5000元减除费用的单位，并确保后续申报的正确性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。