两处工资各扣5000元，需要选择在一处扣除5000元，另一处不再扣除，并更正相关申报信息。具体处理方式如下：

一. 选择扣除单位

• 根据规定，个人在两处及以上单位任职，可以选择在一处扣除5000元/月的减除费用，另一处则不扣除。你需要确定在哪个单位扣除这5000元。

二. 更正申报信息

1. 进入自然人电子税务局客户端：首先，你需要登录自然人电子税务局客户端。
2. 调整人员信息：在“人员信息采集”模块中，选出需要调整的人员，双击进入其信息界面。
3. 修改扣除设置：在“是否扣除减除费用”的下拉菜单中，选择“否”，然后点击“保存”并“报送”。
4. 更正申报数据：如果之前已经错误地扣除了5000元，需要进入“综合所得申报”模块，选择相应的所属期，进行更正申报。注意，本次更正申报通常不会收取滞纳金。

三. 后续处理

• 在选择扣除单位并更正申报后，系统会在后续申报时自动累计计算减除费用并扣除个税。如果之前少缴了税额，系统会在后续月份中补缴上来，且不会产生滞纳金。

四. 注意事项

1. 核实工资情况：确保自己确实在两处及以上单位任职，并领取工资。有时候可能被冒领工资，导致个税风险。
2. 与单位沟通：及时与两处单位沟通，明确扣税方式，确保后续申报正确。
3. 关注个税汇算：在年度个税汇算时，关注自己的汇算结果，如有需要补税或退税的情况，及时办理。

我的观点是，两处工资各扣5000元是一个常见的个税风险点，需要及时处理以避免后续问题。按照上述步骤操作后，可以确保你的个税申报正确无误。如有进一步需要，您可以继续咨询我。