若工资被扣1000元，你可以按照以下步骤处理，具体分情况说明：

1. 先确认扣款是否合法
   根据《工资支付暂行规定》及地方性法规，用人单位扣减工资需满足法定条件（如代扣社保、个税、法院判决的抚养费等），或基于合法有效的规章制度（如严重违纪、造成损失等）。

   • 若扣款合法：例如你因工作失误给公司造成损失，公司按制度扣款（但每月扣减不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准），则需接受扣款，但可要求公司出具书面说明。
     
   • 若扣款违法：如公司无合理理由随意扣款，或扣款比例超出法定限制，则你有权要求公司补发工资。

2. 与公司协商解决

   • 步骤：首先与公司人事或财务部门沟通，要求其提供扣款的书面依据（如规章制度、考勤记录、损失证明等）。
     
   • 注意：若公司无法提供合法依据，或扣款明显不合理（如因迟到一次扣1000元），可明确表示反对，并要求限期补发工资。

3. 向劳动监察部门投诉

   • 适用情况：若协商无果，可向当地劳动保障监察大队投诉（可通过12333热线或官网查询联系方式）。
     
   • 流程：提交投诉材料（如劳动合同、工资条、扣款通知等），监察部门会介入调查，并责令公司限期整改。
     
   • 优势：处理周期较短，且无需支付费用。

4. 申请劳动仲裁

   • 适用情况：若投诉后公司仍不补发工资，或扣款争议较大（如涉及绩效扣减、奖金争议等），可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
     
   • 流程：提交仲裁申请书（需写明诉求、事实与理由）、证据材料（如劳动合同、工资条、扣款记录等），仲裁委会在45日内作出裁决。
     
   • 注意：仲裁裁决具有法律效力，若公司不履行，可申请法院强制执行。

5. 其他注意事项

   • 保留证据：务必保存好工资条、银行流水、扣款通知、劳动合同等材料，以备后续维权使用。
     
   • 时效性：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自你知道或应当知道权利被侵害之日起计算，建议尽快处理。
     
   • 避免自行离职：若因扣款问题想离职，建议通过合法途径解决（如协商、投诉、仲裁），而非擅自离职，否则可能影响经济补偿金的主张。

总结：工资被扣1000元，首先确认扣款是否合法，若违法则通过协商、投诉或仲裁维权。过程中务必保留证据，并注意时效性。如有疑问，可进一步向我咨询具体操作细节。