如果个人在两个受雇单位都选择了扣除5000元的减除费用，导致重复扣除并收到预警消息，那么相关单位（即支付工资的单位）会知道这一情况。具体分析如下：

一. 预警消息的接收与原因

• 个人在两处及以上单位任职，并且都扣除了5000元/月的减除费用，这属于多扣除，因此会收到税务局的预警消息。这一消息通常会发送给个人，同时也可能通过单位的财务或人力资源部门传达给个人，以便进行更正。

二. 单位对预警消息的反应

• 单位在收到或得知预警消息后，通常会要求员工确认在哪一个单位扣除5000元/月的减除费用，并进行相应的修改操作。这是因为单位需要确保其代扣代缴的个人所得税符合税法规定，避免可能的税务风险。

三. 预警消息的影响

• 对企业而言，这一预警消息通常不会直接影响其税务状况，但需要配合员工进行更正操作。
• 对个人而言，如果不在规定时间内进行更正，可能会在个人年度汇算时面临补税的情况。因为重复扣除5000元减除费用导致预缴税额减少，不符合“纳税人已依法预缴个人所得税”的条件，因此需要补税。

四. 建议与后续操作

• 我建议，收到预警消息后，个人应及时与单位财务或人力资源部门沟通，确认在哪一个单位扣除5000元/月的减除费用，并进行相应的修改。
• 如果已确认并更正了扣除单位，但之前月份已存在重复扣除的情况，可以根据当地税务局的要求进行更正申报或等待个税汇算清缴时进行合并申报和税款调整。

综上所述，两个受雇单位重复扣除5000元导致预警时，相关单位会知道这一情况，并需要配合员工进行更正操作以确保税务合规。如有进一步需要，您可以继续咨询我。