养老保险公司部分从员工应得工资中扣除是不合法的。下面我将从几个角度对此进行详细解释：

1. 法律法规角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和相关社会保险法规，养老保险是由用人单位和劳动者共同缴纳的，其中用人单位承担的比例通常高于劳动者个人。用人单位无权单方面从员工的应得工资中扣除养老保险的公司部分。
   • 如果用人单位这样做，就违反了劳动法律法规，侵犯了员工的合法权益。

2. 员工权益角度：

   • 员工的应得工资是其劳动所得的报酬，受到法律的保护。任何未经员工同意的扣除都是不合法的。
   • 养老保险的公司部分应该由用人单位承担，并按时足额缴纳到社会保险机构，而不是从员工的工资中扣除。

3. 实际操作角度：

   • 在实际操作中，如果用人单位试图从员工工资中扣除养老保险的公司部分，员工有权拒绝，并可以向劳动监察部门投诉。
   • 劳动监察部门将会对此进行调查，并根据调查结果对用人单位进行相应的处理，包括责令改正、罚款等。

综上所述，养老保险公司部分从员工应得工资中扣除是不合法的。如果员工遇到这样的情况，应该及时与用人单位沟通，要求纠正；如果沟通无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，维护自己的合法权益。