结论：工厂在星期天要求加班但您已请假的情况下，是否能扣全勤，主要取决于您请假的原因、工厂的规章制度以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、请假原因与工厂规章制度
合法请假：
- 如果您因合理的、符合工厂规章制度的原因请假（如病假、事假等），并且已经按照工厂规定的流程办理了请假手续，那么工厂通常不应因此扣除您的全勤奖。
- 工厂规章制度中应明确规定请假的流程、条件以及全勤奖的发放标准。如果规章制度中未明确规定请假会扣除全勤奖，或者规定与法律法规相冲突，那么工厂扣除全勤奖的行为可能缺乏合法性。
违规请假：
- 如果您未经批准擅自离岗或请假理由不充分，违反了工厂的规章制度，那么工厂有权根据规章制度扣除您的全勤奖。
二、相关法律法规
劳动法规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者有权享受休息休假，用人单位不得强迫或者变相强迫劳动者加班。同时，劳动者因个人原因需要请假的，应当按照用人单位的规章制度办理请假手续。
- 如果工厂因您请假而扣除全勤奖，但这一行为并未在劳动合同或工厂规章制度中明确约定，且没有合理的理由，那么这一行为可能违反了劳动法的相关规定。
全勤奖的性质：
- 全勤奖通常是用人单位为了激励员工按时出勤而设立的一种奖励制度。其发放标准、条件等应由用人单位与劳动者在劳动合同中约定，或者由用人单位在规章制度中明确规定。
- 如果全勤奖的发放与员工的出勤情况紧密相关，且员工因合法原因请假导致出勤天数不足，那么用人单位扣除全勤奖的行为应谨慎对待，确保不违反法律法规和劳动合同的约定。
三、建议与行动
查阅工厂规章制度：
- 首先，建议您查阅工厂的规章制度，了解全勤奖的发放标准、条件以及请假的相关规定。
与工厂沟通：
- 如果您认为工厂扣除全勤奖的行为缺乏合法性或合理性，可以与工厂的人力资源部门或相关负责人进行沟通，说明您的情况并寻求解决方案。
寻求法律援助：
- 如果沟通无果，且您认为自己的权益受到了侵害，可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。作为专业律师，我可以为您提供进一步的法律咨询和帮助。
总结：工厂在星期天要求加班但您已请假的情况下，是否能扣全勤取决于请假原因、工厂规章制度以及相关法律法规的规定。建议您先查阅工厂规章制度，与工厂沟通，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。