工厂上班请假既扣全勤又扣工资，这一做法是否合法，需分情况讨论：
关于全勤奖的扣除：
- 全勤奖是用人单位为了鼓励员工全勤工作而设立的一种奖励制度。其发放与否，通常取决于员工是否满足全勤的条件，即是否在规定的工作时间内未出现缺勤情况。
- 如果员工因合理事由请假，且请假符合用人单位的规章制度或劳动合同中的约定，那么用人单位扣除全勤奖可能缺乏合法依据。因为全勤奖的设立初衷并非为了惩罚请假行为，而是为了奖励全勤行为。
- 然而，如果用人单位的规章制度或劳动合同中明确规定了请假即扣除全勤奖的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位扣除全勤奖的行为可能是合法的。但这种情况下，该条款的合法性也需接受审查，比如是否经过民主程序制定、是否已向员工公示等。
关于工资的扣除：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工在请假期间，用人单位应按照其实际出勤情况支付工资。对于事假，用人单位可以不支付工资；但对于病假、年假等法定假期，用人单位应按照相关规定支付工资或工资报酬。
- 如果员工请的是事假，且用人单位的规章制度或劳动合同中明确规定了事假期间不支付工资，那么用人单位扣除工资的行为是合法的。但同样，该规章制度或劳动合同条款的合法性也需接受审查。
- 如果员工请的是病假、年假等法定假期，用人单位却扣除工资，那么这一行为很可能是违法的。因为根据法律规定，员工在法定假期期间应享有相应的工资待遇。
综合建议：
- 员工在请假前，应仔细阅读用人单位的规章制度和劳动合同，了解请假期间工资和全勤奖的支付规定。
- 如果用人单位的规章制度或劳动合同中存在不合理的扣除条款，员工可以与用人单位进行协商，要求修改或废除这些条款。
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能面临的法律后果：
- 如果用人单位的扣除行为被认定为违法，那么用人单位可能需要补发被扣除的工资和全勤奖，并可能面临劳动监察部门的处罚。
- 员工在维护自己权益的过程中，也应保留好相关证据，如请假条、工资条、规章制度等，以便在需要时提供证明。
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