结论：请假半天扣全勤是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司规章制度是否合法合理以及请假是否符合规定。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度合法合理性的角度
规章制度合法：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司的全勤奖制度以及请假扣全勤奖的规定是经过上述民主程序制定，并且内容不违反法律、行政法规及政策规定，同时已向劳动者公示或告知，那么该制度就是合法的。在这种情况下，员工请假半天，如果符合公司规定的请假流程但未达到全勤奖的获取条件（如未全勤出勤），公司扣除全勤奖可能是合法的。
规章制度不合理：
- 如果公司的全勤奖制度或请假扣全勤奖的规定存在不合理之处，比如未经过民主程序制定、内容违法或显失公平、未向劳动者公示或告知等，那么该制度可能被认定为无效或部分无效。在这种情况下，员工请假半天被扣全勤奖，员工可以依法维护自己的权益。
二、请假是否符合规定的角度
符合请假规定：
- 如果员工按照公司规定的请假流程进行了请假，并且请假事由合理（如病假、事假等），且公司规章制度中明确规定了请假半天会扣除全勤奖，那么员工在了解并接受这一规定的情况下，公司扣除全勤奖是合法的。
不符合请假规定：
- 如果员工未按照公司规定的请假流程进行请假，或者请假事由不合理（如无故缺勤），那么公司不仅有权扣除全勤奖，还可能根据规章制度对员工进行其他处罚，如警告、罚款、解除劳动合同等。但需要注意的是，公司对员工的处罚应当合理且符合法律规定，不能过度处罚或侵犯员工的合法权益。
三、实际操作建议
员工角度：
- 在请假前，应仔细阅读公司的规章制度，了解全勤奖的获取条件和请假扣全勤奖的规定。
- 按照公司规定的请假流程进行请假，并保留好相关证据（如请假条、审批记录等）。
- 如果对公司的扣除全勤奖决定有异议，可以与公司进行沟通协商，或者向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等。
公司角度：
- 制定合法合理的规章制度，并确保经过民主程序制定、内容不违反法律行政法规及政策规定、已向劳动者公示或告知。
- 在执行规章制度时，应确保公平公正，避免过度处罚或侵犯员工的合法权益。
- 如果员工对扣除全勤奖决定有异议，应积极与员工沟通协商，解释相关规定和理由，避免引发劳动纠纷。
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