结论前置：
- 一般情况下，休年假不应扣全勤，因为年休假是劳动者的法定权利，休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入。
- 但具体是否扣除全勤，还需依据公司规章制度及法律规定来判断。若公司规章制度规定合理且经过合法程序制定，且与法律法规无冲突，则可按其执行；若规定不合理，损害了劳动者权益，则可能被视为无效。
详细分析：
一、年休假的法律性质
根据《职工带薪年休假条例》的规定，连续工作1年以上的职工享受带薪年休假，这是法律赋予劳动者的法定权利。在年休假期间，劳动者享受与正常工作期间相同的工资收入，这意味着休年假属于劳动者的正常出勤，用人单位应支付全额工资。
二、全勤的定义与年休假的关系
全勤通常指员工在一个考勤周期内，按照用人单位的正常工作制度，未出现迟到、早退、旷工、请假（除法定的带薪假期外）等缺勤情况。年休假作为劳动者的法定带薪假期，员工休年休假是合法行使自己的权利，并非无故缺勤或违反公司考勤制度。因此，从法律性质上讲，不应将休年休假认定为缺勤，进而扣除全勤奖。
三、公司规章制度的影响
尽管法律规定了年休假的性质和待遇，但具体是否扣除全勤还需参考公司的规章制度。有些公司可能将年休假视为带薪假，不影响全勤考核；而有些公司可能有不同规定。因此，员工应查阅公司员工手册或咨询人事部门，了解公司关于年休假和全勤的具体规定。
四、规章制度的合法性判断
公司规章制度中关于年休假与全勤的规定，必须满足以下条件才具有法律效力：
- 经过合法程序制定：如经过民主程序讨论、公示或告知劳动者。若规章制度未经法定程序制定，如未经过职代会讨论或未向劳动者公示，则可能被视为无效。
- 内容不违反法律法规的强制性规定：即不能违背《劳动法》、《职工带薪年休假条例》等相关法律法规。若规章制度中的规定与法律法规相冲突，则该规定无效。
- 合理性考量：若规章制度明显不合理，损害了劳动者的合法权益，即使经过合法程序制定，也可能被认定为无效。例如，若公司规定“休年假一律扣全勤”，且未提供任何补偿或替代方案，则该规定可能因显失公平而被视为无效。
五、员工权益保护建议
- 了解公司规章制度：员工在入职时应仔细阅读并了解公司的规章制度，特别是关于请假、全勤奖等方面的规定。若对公司规定有疑问或不满，应及时与公司沟通协商。
- 沟通协商：如对公司扣全勤奖的行为有疑问或不满，员工应及时与公司进行沟通协商，要求公司说明扣奖依据。在沟通过程中，员工可以引用相关法律法规和公司规章制度来维护自己的权益。
- 法律维权：若公司扣全勤奖的行为确实存在违法或不合理之处，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在维权过程中，员工应保留好相关证据，如公司规章制度、考勤记录、工资单等。
总结：休年假通常不应扣全勤，但具体执行需结合公司规章制度及法律规定来判断。员工应了解自己的权益，并在必要时与公司沟通或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。若你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。