核心结论：在耕地上建厂房属于违法用地行为，即便已建成十几年，仍可能面临拆除、罚款等处置措施，但具体处置方式需结合实际情况判断，以下分情况详细说明。
1. 若厂房未取得任何合法审批手续
- 拆除风险：根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地建建筑物的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。若您的厂房属于此类情况，可能面临被强制拆除的后果。
- 罚款处罚：除拆除外，还可能被处以罚款，罚款标准为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下（具体根据土地性质和情节严重程度确定）。
- 例外情形：如果符合“历史遗留问题”处理条件（如建房时间早于当地土地利用总体规划制定时间，且未扩大用地范围），可能有机会通过补办手续“合法化”，但需满足严格条件（如符合规划、权属清晰等），且需主动向自然资源部门申请。
2. 若厂房曾取得部分审批手续但存在瑕疵
- 补办手续可能性：如果厂房建设时曾获得部分审批（如临时用地许可、乡村建设规划许可等），但未完善全部手续（如未办理农用地转用审批），可尝试向当地自然资源部门申请补办手续。但需注意，农用地转用需经省级政府或国务院批准，补办难度较大，且可能需缴纳土地出让金等费用。
- 限期整改要求：若审批手续存在瑕疵但未完全违法，自然资源部门可能要求限期整改（如补办手续、调整用地性质等），逾期未整改的仍可能面临拆除或罚款。
3. 若厂房涉及“以租代征”等违法行为
- 合同无效风险：若厂房是通过“以租代征”（即以租赁形式非法占用农用地进行非农建设）方式建成，根据《民法典》第一百五十三条，此类合同因违反法律强制性规定而无效，土地使用者需返还土地并恢复原状。
- 连带责任：若涉及多方合作（如村委会、企业、个人共同参与），可能面临连带责任，需共同承担拆除、罚款等后果。
4. 若厂房符合“设施农业用地”等特殊政策
- 政策例外：根据自然资源部、农业农村部《关于设施农业用地管理有关问题的通知》，若厂房属于设施农业用地（如养殖场、农产品加工厂等），且已按规定备案并符合用地规模、环保等要求，可能无需拆除，但需补办备案手续并接受监管。
- 严格限制：设施农业用地仍需占用农用地的，需签订用地协议并报乡镇政府备案，且不得改变用途或扩大规模，否则仍可能被认定为违法用地。
建议行动步骤
- 核查用地手续：立即整理厂房建设时的所有审批文件（如用地许可、规划许可、环评报告等），确认是否存在合法手续或瑕疵。
- 咨询当地部门：主动联系当地自然资源局（原国土局）、农业农村局，说明情况并咨询处置政策，避免被动等待处罚。
- 评估拆除风险：若厂房位于城市规划区、生态保护区或基本农田范围内，拆除风险较高，需提前制定应对方案（如搬迁、转型等）。
- 法律救济途径：若对处罚决定不服，可在收到决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼，但需注意诉讼期间不停止执行（除非申请法院裁定停止）。
温馨提示：耕地保护是国家基本政策，违法用地行为可能面临严厉处罚，建议尽快采取行动，避免损失扩大。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。