在耕地上建厂房超过十年，属于违法用地行为，可能面临行政处罚、拆除风险及法律责任追究，但具体处理需结合土地性质、审批情况及历史政策综合判断。以下是详细分析：
1. 违法用地行为的定性
根据《土地管理法》第四十四条，建设占用土地需依法办理农用地转用审批手续。若厂房建在耕地上且未取得审批，无论建成多久，均属于违法占地。即使超过十年，违法行为不会因时间推移自动合法化，但可能因历史政策、执法力度等因素影响处理方式。
2. 可能面临的法律后果
行政处罚：
自然资源部门可依据《土地管理法》第七十七条，责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物，并处罚款（按占用耕地面积处每平方米100元至1000元罚款）。
例外情形：若符合土地利用总体规划且符合补办手续条件，可能被责令补办审批手续并罚款，但耕地转为建设用地需严格审批，实践中此类例外极少。
拆除风险：
若厂房占用的是永久基本农田（耕地中的优质部分），根据《土地管理法》第三十五条，严禁占用，且无补办手续可能，必须拆除并恢复原状。
若占用的是一般耕地，虽可能面临拆除，但若符合“历史遗留问题”处理条件（如符合规划、已形成一定规模），可能通过缴纳罚款后保留使用，但需以地方政府具体政策为准。
刑事责任：
若占用耕地面积达到5亩以上（基本农田）或10亩以上（其他耕地），且造成耕地大量毁坏，可能构成《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
3. 处理建议
立即自查土地性质：
通过当地自然资源部门查询厂房所占土地是否为永久基本农田、是否符合土地利用总体规划，这是决定处理方式的关键。
主动补办手续（如可能）：
若符合规划且地方政府允许补办，可尽快申请农用地转用审批，但需注意：耕地转为建设用地需省级政府或国务院批准，程序严格，成功率较低。
协商整改或拆除：
若无法补办手续，建议与自然资源部门协商，争取限期自行拆除并恢复耕地，以减少罚款或刑事责任风险。若被动等待执法，可能面临更高罚款或强制拆除。
法律风险评估：
若占用耕地面积较大或涉及基本农田，建议委托律师评估刑事责任风险，必要时通过行政复议或诉讼争取合法化路径（如主张历史政策原因、信赖保护原则等，但需具体证据支持）。
4. 特殊情形：历史遗留问题
若厂房建于2004年《土地管理法》修订前，且符合当时政策（如“乡镇企业用地”），可能适用“老办法”处理，但需满足以下条件：
总结：耕地建厂房超过十年不改变违法性质，但处理方式需结合土地性质、规划符合性及历史政策。建议尽快自查并主动整改，避免行政处罚升级或刑事责任风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。