在耕地上建设厂房，一般情况下属于违法建筑行为，但在特定条件下，经过法定程序审批后，将耕地转为建设用地用于建设厂房则是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
一、通常情况下属于违建
法律依据：
- 根据《土地管理法》及相关法律法规，国家实行土地用途管制制度，严格限制农用地转为建设用地，对耕地实行特殊保护，以确保粮食安全和农业可持续发展。耕地主要用于农业生产，未经批准不得擅自改变其用途。
违规后果：
- 未经依法批准，擅自在耕地上建设厂房，违反了土地用途管制制度。这种违法行为通常会导致以下后果：
- 被相关部门认定为违法建筑；
- 面临限期拆除、恢复土地原状的处罚；
- 可能被处以罚款等行政处罚。
二、特殊情况下的合法性
农用地转用审批：
- 若建设者按照法定程序，向相关部门提出申请，并经过农用地转用审批手续以及其他必要的规划、建设审批，将耕地合法转变为建设用地，则在此土地上建设厂房不属于违建。
- 根据《土地管理法》第四十四条，建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。具体审批流程和权限根据土地利用总体规划和土地利用年度计划确定。
特殊项目需求：
- 因国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目需要，经有批准权的人民政府批准后，可以将耕地转为建设用地用于建设相关的厂房或设施。这种情况下，建设行为是合法的。
农村地区特殊情况：
- 在农村地区，建设农村村民住宅、乡镇企业、乡村公共设施和公益事业等，若经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有土地，并按照相关规定办理审批手续后，也可以在符合要求的土地上建设相关建筑。但需注意，这并不意味着可以随意在耕地上建设厂房，仍需符合土地利用总体规划和相关审批要求。
三、建议与风险提示
咨询当地自然资源部门：
- 在决定是否在耕地上建设厂房前，务必咨询当地的自然资源部门或向我咨询，了解具体的政策和审批要求，以避免因违法建设而带来不必要的损失。
遵守法律法规：
- 严格遵守土地管理法律法规，不擅自改变土地用途，确保建设行为的合法性。在建设前，务必确认土地性质、规划用途及所需审批手续，确保所有建设活动均符合法律法规要求。
风险防范：
- 对于可能存在的法律风险，如政策变化、审批流程复杂等，应提前进行风险评估和应对准备。在建设过程中，还需考虑环保要求、建筑高度等特殊限制条件，确保建设活动不违反相关法律法规。
总结来说，在耕地上建设厂房的合法性取决于是否经过法定程序的审批和是否符合土地利用总体规划。未经批准擅自建设将面临严重的法律后果，因此建议建设单位或个人在决策前充分了解相关法律法规和政策要求，确保建设行为的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。