结论前置：员工超休一天扣多少工资，需根据具体用工形式、公司规章制度、劳动合同约定以及国家相关法律法规综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、不同用工形式下的超休扣款规则
标准工时制
- 旷工处理：若员工未经批准超休，通常按旷工处理，扣除当日工资，并可能附加罚款（罚款不得超过当月工资的20%）。
- 计算公式：
$\(
\text{当日工资} = \frac{\text{月工资收入}}{\text{月计薪天数}} \quad (\text{月计薪天数}=21.75\text{天})
\)\(
**示例**：月工资6000元，超休一天扣除工资约为：
\)\(
\frac{6000}{21.75} \approx 275.86\text{元}
\)$
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣工资，但旷工属于法定可扣款情形。
综合计算工时制
- 周期内总工时未超标：若员工在计算周期内（如季度、年）总工作时间未超过法定标准，超休可能不扣工资。
- 周期内总工时超标：按请假或缺勤规定扣款，计算公式为：
$\(
\text{扣除工资} = \frac{\text{月工资标准}}{\text{法定月工作小时数}} \times 8 \quad (\text{假设超休1天按8小时计})
\)\(
**示例**：月工资5000元，周期内实际工作152小时（法定160小时），超休一天扣除工资为：
\)\(
\frac{5000}{160} \times 8 = 250\text{元}
\)$
不定时工作制
- 灵活工作时间：通常不直接扣工资，但若影响工作任务完成或违反公司规定，可能按请假制度扣发工资或进行其他处罚。
二、特殊情况下的超休扣款规则
事假与病假
- 事假：员工因个人原因请假并获批准，按请假天数扣除相应工资，计算公式同标准工时制下的当日工资。
- 病假：员工因病请假并提供合法有效证明，公司需按病假工资支付规定执行，不得低于当地最低工资标准的80%。
示例：某地最低工资标准为2000元/月，员工病假期间工资不得低于：
$\(
2000 \times 80\% = 1600\text{元/月}
\)$
加班工资抵扣与特殊约定
- 若劳动合同中约定“超休按加班工资的一定比例扣除”，则按合同执行。例如，约定超休1天扣除当日加班工资的50%，需先计算加班工资基数，再按比例扣除。
- 部分公司规定“超休天数在一定范围内不扣工资”或“按基本工资的一定比例扣除”，需以公司规章制度为准。
三、法律限制与员工权益保护
最低工资保障
- 扣款后实发工资不得低于当地最低工资标准。例如，某地最低工资为2000元/月，员工原工资3000元，即使超休扣款也不得使其收入低于2000元。
程序合法性
- 用人单位扣款前需履行告知义务，确保员工知晓超休后果；涉及重大处罚（如高额扣款）时，建议通过书面通知确认。
争议解决途径
- 若对扣款有异议，员工可先与公司协商解决；协商无果时，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，必要时提起诉讼。
- 需保留的证据：考勤记录、工资条、劳动合同、公司规章制度、沟通记录等。
四、操作建议
员工角度
- 提前了解公司考勤制度和工资计算方式，避免因信息不对称导致工资纠纷。
- 超休前尽量履行请假手续，保留书面或电子请假记录。
- 若被不合理扣款，及时咨询专业律师或向劳动部门求助。
用人单位角度
- 制定合法合理的规章制度，明确超休的定义、处理方式及工资扣除标准。
- 在劳动合同中约定超休处理条款，避免模糊表述。
- 扣款前确保程序合法，避免因程序瑕疵导致法律风险。
总结：超休一天扣多少工资无统一标准，需结合用工形式、公司规定、合同约定及法律规定综合判断。员工和用人单位均应遵守法律底线，通过合法途径解决争议。如有具体问题，可直接向我咨询。