上班期间被撞伤，老板当时出了医药费，最后从工资卡扣除是不可以的。下面我来详细解释一下：

首先，从法律角度来看，员工在上班期间因工作原因受到的伤害，应当被认定为工伤。根据《工伤保险条例》的相关规定，员工因工伤发生的医疗费用，应当由工伤保险基金支付，而不是由老板个人承担后再从员工工资中扣除。

其次，即使老板当时出于人道主义或其他原因垫付了医药费，这也不能成为后续从员工工资中扣除的理由。因为医药费的支付与工资的支付是两个完全不同的法律关系，不能混为一谈。

再者，如果老板坚持要从员工工资中扣除之前垫付的医药费，那么这种行为可能涉嫌违反劳动法的相关规定，员工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

综上所述，上班期间被撞伤，老板当时出了医药费，最后从工资卡扣除是不合法的。如果遇到这种情况，建议员工与老板进行沟通协商，明确医药费的支付方式，并保留好相关证据，以备不时之需。如果协商无果，可以寻求劳动监察部门或律师的帮助来维护自己的合法权益。