结论前置：工作期间摔伤，公司支付了医药费但扣除了工资，这一行为是否违法需分情况讨论。若您的摔伤被认定为工伤，公司扣除工资的行为是违法的；若未被认定为工伤，公司扣除工资的行为是否违法则需依据具体原因和公司规章制度来判断。以下为详细分析：
一、若摔伤被认定为工伤
法律依据：
- 根据《工伤保险条例》第三十三条：“职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。”
法律分析：
- 若您的摔伤被认定为工伤，那么在停工留薪期内，公司应当按照您原来的工资福利待遇按月支付工资，不得扣除。
- 公司支付了医药费但扣除了工资，这一行为违反了《工伤保险条例》的规定，您有权要求公司补发被扣除的工资。
建议行动：
- 首先，确认您的摔伤是否已被认定为工伤。若未认定，可向当地劳动保障行政部门申请工伤认定。
- 若已被认定为工伤，且公司扣除了工资，您可与公司协商要求补发工资；协商不成，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼。
二、若摔伤未被认定为工伤
可能的情况：
- 若您的摔伤未被认定为工伤，那么公司扣除工资的行为是否违法，需依据具体原因和公司规章制度来判断。
- 例如，若您因违反公司安全规定或操作规程导致摔伤，公司可能根据规章制度扣除部分或全部工资作为处罚。但这种扣除需符合法律法规和公司规章制度的规定，且扣除的金额应合理。
法律分析：
- 根据《劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
- 若公司扣除工资的行为缺乏合法依据或违反公司规章制度，那么这一行为可能是违法的。
建议行动：
- 首先，了解公司扣除工资的具体原因和依据。若认为扣除行为不合理或违法，可与公司协商要求解释和纠正。
- 若协商不成，可向当地劳动保障监察部门投诉，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
总结与进一步建议：工作期间摔伤，公司支付了医药费但扣除了工资，这一行为是否违法需根据摔伤是否被认定为工伤以及公司扣除工资的具体原因和依据来判断。若您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。