结论：上班途中被车撞且对方全责的情况下，公司一般不应扣工资。但具体是否扣工资，还需根据您是否被认定为工伤以及公司的规章制度等因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、从工伤认定的角度

根据《工伤保险条例》的相关规定，职工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应当认定为工伤。在您的情况下，上班途中被车撞且对方全责，完全符合这一规定，因此您应当被认定为工伤。

一旦被认定为工伤，您就有权享受工伤保险待遇，这包括医疗费用报销、停工留薪期待遇等。在停工留薪期内，您的原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，在您因工伤需要休息治疗期间，公司不应扣减您的工资。

二、从公司规章制度的角度

虽然法律有明确规定工伤期间工资待遇不变，但公司的规章制度也可能对此有所规定。不过，公司的规章制度必须符合法律法规的规定，不能与法律法规相抵触。如果公司的规章制度中规定了工伤期间扣工资等不合理条款，这些条款是无效的，您有权拒绝执行。

三、实际操作中的建议

1. 及时申请工伤认定：在发生交通事故后，您应及时向公司报告，并尽快向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请。这是享受工伤保险待遇的前提。
2. 保留相关证据：包括交通事故认定书、医疗证明、工资单等，这些证据在后续申请工伤认定和享受工伤保险待遇时非常重要。
3. 与公司沟通协商：如果公司试图扣减您的工资，您可以与公司进行沟通协商，明确告知公司您的工伤情况和法律规定，要求公司按照法律规定支付工资。
4. 寻求法律援助：如果与公司沟通协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。

四、特殊情况说明

如果交通事故并未导致您受伤或受伤轻微，不影响您正常工作，那么您可能无法被认定为工伤。在这种情况下，公司是否扣工资将取决于公司的规章制度和劳动合同中的约定。但即便如此，公司也不能随意扣减工资，必须遵循合法、合理、公平的原则。

总结与建议：上班途中被车撞且对方全责的情况下，您一般应被认定为工伤，并享受相应的工伤保险待遇，包括停工留薪期待遇等。公司不应扣减您的工资。如果公司试图扣减工资或存在其他违法行为，您可以及时与公司沟通协商或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。