上班途中发生交通事故是否扣工资，需根据具体情况来判断，主要分为认定为工伤和未认定为工伤两种情况。以下是对这两种情况的详细分析：
一、认定为工伤的情况
工伤认定条件：
- 根据《工伤保险条例》第十四条第六项规定，上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害可被认定为工伤。这意味着，如果员工在上班途中发生交通事故，且不负主要责任，那么该事故应被认定为工伤。
停工留薪期待遇：
- 在工伤治疗期间，员工享受停工留薪待遇。具体来说，停工留薪期内，员工的原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这一期限一般不超过12个月，对于伤情严重或情况特殊的员工，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认后，可适当延长，但延长期限也不得超过12个月。
- 工资标准：原工资福利待遇指受伤前正常出勤的全部工资性收入，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等（不含加班工资）。工资结构固定者，按固定数额支付；不固定者，以受伤前12个月平均月缴费工资为标准。
伤残待遇与医疗待遇：
- 工伤职工评定伤残等级后，将停发原待遇，转而按照有关规定享受伤残待遇。若工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗，将继续享受工伤医疗待遇。
举例说明：假设小张在上班途中遭遇交通事故，且不负主要责任，被认定为工伤。小张受伤前月工资为6000元，停工留薪期为6个月。那么，在这6个月内，小张应享受的原工资福利待遇不变，即每月6000元，由所在单位按月支付。
二、未认定为工伤的情况
非工伤处理：
- 若员工在交通事故中承担主要责任或全部责任，则不能认定为工伤。此时，公司是否发放工资需依据公司的具体规章制度以及与员工签订的劳动合同约定来确定。
病假工资：
- 如果员工因受伤需要请假就医或休养，并按照公司规定请病假，公司通常会按照病假工资的标准支付工资。一般来说，病假工资不得低于当地最低工资标准的80%。具体比例可能因单位规章制度和当地政策而异。
- 计算公式：假设当地最低工资标准为2000元/月，病假工资比例为80%，则病假工资为2000元/月 × 80% = 1600元/月。
旷工处理：
- 如果员工未履行正规请假手续而缺勤，可能会被认定为旷工。在这种情况下，公司可能不发放旷工期间的工资，并可能根据公司规定对员工进行处罚。
举例说明：假设小李在上班途中遭遇交通事故，但负主要责任，未被认定为工伤。小李因受伤需要请假2周，并按照公司规定请了病假。公司规定病假工资为正常工资的70%，小李正常月工资为5000元。那么，小李这2周的病假工资为5000元/月 ÷ 21.75天/月 × 14天 × 70% ≈ 2298.85元（其中21.75天为月计薪天数）。
三、特殊情况说明
- 若员工在交通事故中未受伤，则应正常上班，公司也将按照常规标准支付工资。
四、建议与提醒
- 及时沟通：受伤员工应及时与单位沟通，明确自己的权益和待遇问题。
- 保留证据：员工应保留与工伤相关的所有证据，如交通事故认定书、医疗证明等，以便申请工伤待遇时提供证明。
- 了解政策：员工应了解当地的工伤保险政策和公司规章制度，以便在发生事故时能够维护自己的合法权益。
综上所述，上班途中发生交通事故时，公司是否应支付工资需综合考虑员工在事故中的责任、受伤情况以及公司的规章制度和劳动合同约定。对于工伤员工，公司应依法支付停工留薪待遇；对于非工伤员工，则需根据公司规定和合同约定来处理工资问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。