结论：上班路上出事故耽误的三天是否扣工资，需根据事故性质、公司规章制度以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、事故性质为工伤的情况
法律依据：
- 根据《工伤保险条例》第十四条第六项规定，职工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应当认定为工伤。
工资支付：
- 若事故被认定为工伤，根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。因此，因工伤耽误的三天，公司不应扣工资。
操作建议：
- 及时向公司报告事故情况，并申请工伤认定。
- 保留好相关证据，如交通事故责任认定书、医疗证明等，以便后续维权。
二、事故性质非工伤的情况
公司规章制度：
- 若事故未被认定为工伤，公司是否扣工资将取决于其规章制度。如果公司规章制度中明确规定了因个人原因（如交通事故但非工伤）导致的缺勤将扣工资，且该规章制度已向员工公示并经过民主程序制定，那么公司可能有权扣工资。
法律法规限制：
- 即使公司规章制度有相关规定，也需确保不违反法律法规的强制性规定。例如，根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。若公司无故扣工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
操作建议：
- 查阅公司规章制度，了解公司对于缺勤和工资支付的具体规定。
- 若认为公司扣工资不合理，可与公司协商或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁。
三、特殊情况下的考虑
请假制度：
- 如果员工在事故发生后及时向公司请假，并按照公司规定办理了请假手续，那么公司通常不应因员工请假而扣工资。但具体还需根据公司规章制度和请假流程来判断。
公司人文关怀：
- 在某些情况下，即使事故非工伤且公司规章制度未明确规定，公司也可能出于人文关怀考虑，不扣员工工资或给予一定的经济补助。这取决于公司的文化和价值观。
总结与建议：上班路上出事故耽误的三天是否扣工资，需根据事故性质、公司规章制度以及相关法律法规综合判断。若事故被认定为工伤，公司不应扣工资；若非工伤，则需根据公司规章制度和法律法规来判断。在任何情况下，建议员工及时与公司沟通，了解公司对于缺勤和工资支付的具体规定，并保留好相关证据以便后续维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。