结论：上班路上发生交通事故，公司是否会扣工资需根据具体情况判断。若员工不负主要责任且被认定为工伤，则享受停工留薪待遇，公司不会扣工资；若员工承担主要责任或未受伤，则依据公司规章制度和劳动合同约定处理，可能涉及扣工资或支付病假工资等情况。

详细分析：

1. 员工在交通事故中不承担主要责任

   • 工伤认定：根据《工伤保险条例》第十四条第六项规定，员工在上班途中遭受非本人主要责任的交通事故伤害，应当认定为工伤。这意味着，如果事故责任不在你，你有权申请工伤认定。

   • 停工留薪待遇：在工伤治疗期间，你享受停工留薪待遇。具体来说，停工留薪期内，你的原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这一期限一般不超过12个月，伤情严重或情况特殊的，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认后，可适当延长，但延长期限也不得超过12个月。因此，在这种情况下，公司不会扣你的工资。

   • 伤残待遇与医疗待遇：如果工伤职工评定伤残等级后，将停发原待遇，转而按照有关规定享受伤残待遇。若工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗，将继续享受工伤医疗待遇。

2. 员工在交通事故中承担主要责任及以上

   • 非工伤处理：若你在交通事故中承担主要责任或全部责任，则不能认定为工伤。此时，公司是否发放工资需依据公司的具体规章制度以及与你签订的劳动合同约定来确定。

   • 病假工资：如果你因受伤需要请假就医或休养，并按照公司规定请病假，公司通常会按照病假工资的标准支付工资。一般来说，病假工资不得低于当地最低工资标准的80%。这意味着，即使你不能认定为工伤，公司也可能根据你的病假情况支付一定的工资。

   • 旷工处理：如果你未履行正规请假手续而缺勤，可能会被认定为旷工。在这种情况下，公司可能不发放旷工期间的工资。因此，建议你在受伤后及时与公司沟通，并按照公司规定办理请假手续。

3. 特殊情况说明

   • 若你在交通事故中未受伤，则应正常上班，公司也将按照常规标准支付工资。

建议：

• 在上班路上发生交通事故后，首先确保自己的安全，并及时报警处理。
• 如果事故责任不在你，尽快向公司报告并申请工伤认定，以便享受停工留薪待遇。
• 如果事故责任在你或你未受伤，及时与公司沟通，了解公司的规章制度和劳动合同约定，以便合理处理工资问题。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。