结论前置：在未签劳动合同的情况下，员工主张双倍工资但公司反而胜诉，这通常是由于员工未能充分证明劳动关系、超过仲裁时效、证据不足或存在特殊情况（如劳动者拒绝签订合同）等原因导致的。下面我将从多个角度详细分析这一现象。
一、员工未能充分证明劳动关系
证据不足：
- 员工主张双倍工资的前提是证明与用人单位存在劳动关系。若员工无法提供充足有效的证据，如工资支付凭证、工作证、考勤记录、同事证言等，来证明劳动关系的存在，那么其主张将难以得到支持。
- 实例说明：假设小张在某公司工作，但未签订劳动合同，且无法提供工资转账记录、工作证或考勤记录等证据，那么他在主张双倍工资时可能会因证据不足而败诉。
劳动关系认定复杂：
- 在某些情况下，劳动关系的认定可能较为复杂，如存在劳务派遣、非全日制用工等特殊情形。若员工未能准确理解并证明其与用人单位之间的劳动关系性质，也可能导致败诉。
二、超过仲裁时效
时效规定：
- 根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道权利被侵害之日起计算。若员工未在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请，可能因超过时效而败诉。
- 实例说明：假设小李于2022年1月1日入职某公司，但未签合同，直到2023年3月才申请仲裁主张双倍工资。由于已超过一年的仲裁时效，小李的请求可能无法得到支持。
时效中断与中止：
- 若存在时效中断（如向单位主张权利、申请调解等）或中止情形（如不可抗力），员工可收集证据并重新申请仲裁或诉讼。但若无法证明时效中断或中止，则可能面临败诉风险。
三、存在特殊情况
劳动者拒绝签订合同：
- 若用人单位已采取合理措施督促劳动者签订书面劳动合同，但劳动者拒绝签订，用人单位无需支付双倍工资。例如，公司多次书面通知小王签订合同，但小王拒绝，此时小王的主张一般不会得到法律支持。
非全日制用工或劳务关系：
- 非全日制用工或劳务关系可能不受《劳动合同法》中关于双倍工资规定的约束。若员工与用人单位之间属于此类关系，则员工主张双倍工资可能无法得到支持。
四、法律适用与程序问题
法律适用错误：
- 若员工对法律规定理解有误（如将“用工之日”误认为“入职登记日”），可能影响诉求成立。员工应咨询专业律师，明确法律依据（如《劳动合同法》第八十二条），确保主张符合法定条件。
程序瑕疵：
- 在仲裁或诉讼过程中，若员工存在程序瑕疵（如未按时提交证据、未遵守庭审纪律等），也可能导致败诉。员工应了解并遵循相关法律法规和程序要求，确保维权过程的合法性和有效性。
法律建议
及时收集证据：
- 员工应尽早收集并保存与用人单位存在劳动关系的证据，如工资支付凭证、工作证、考勤记录等。这些证据在主张双倍工资时至关重要。
了解仲裁时效：
- 员工应了解劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，并尽快在时效期内提出仲裁申请。若存在时效中断或中止情形，应及时收集证据并重新申请仲裁或诉讼。
咨询专业律师：
- 在主张双倍工资过程中，若员工遇到法律难题或不确定如何操作，应及时向我咨询。我可以根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。
保持冷静理智：
- 在维权过程中，员工应保持冷静理智，避免采取过激行为。通过合法途径维护自己的权益是更为有效和安全的方式。
综上所述，未签劳动合同员工主张双倍工资但公司反而胜诉的原因可能涉及多个方面。员工在主张双倍工资时，应确保证据充分、了解法律法规并注意仲裁时效和程序要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。