公司放假三个月后解除劳动关系，经济补偿的计算基数通常以劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资为准，但需根据具体情况确定是否包含放假期间工资及放假期间工资标准。具体分析如下：

1. 经济补偿计算基数的一般规定
   根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。若劳动者工作不满十二个月，则按实际工作月数计算平均工资。

2. 放假期间工资对计算基数的影响

   • 若公司按约定或规定支付了放假期间工资：例如，公司按照当地最低工资标准或劳动合同约定支付了放假期间的生活费、基本工资等，则这些工资应纳入前十二个月的平均工资计算范围。
     
   • 若公司未支付或未足额支付放假期间工资：此时，前十二个月的平均工资可能因放假期间工资缺失或不足而降低。但根据《劳动合同法实施条例》第二十七条，若劳动者在劳动合同解除前十二个月的平均工资低于当地最低工资标准，需按当地最低工资标准计算经济补偿。

3. 特殊情况下的计算基数调整

   • 非因劳动者原因停工停产：若公司因经营困难等原因停工停产，且放假期间未提供正常劳动，根据《工资支付暂行规定》第十二条，公司应按不低于当地最低工资标准的80%支付劳动者生活费。此时，若放假期间工资低于正常工作期间工资，经济补偿计算基数可能受影响，但不得低于最低工资标准。
     
   • 公司违法解除劳动关系：若公司违法解除劳动合同，劳动者有权要求赔偿金（即经济补偿标准的二倍）。赔偿金的计算基数同样以前十二个月平均工资为准，但需注意放假期间工资是否纳入计算。

4. 操作建议

   • 核实放假期间工资支付情况：劳动者应要求公司提供工资支付记录，确认放假期间是否支付了工资及具体金额。
     
   • 计算前十二个月平均工资：将正常工作期间工资与放假期间工资（如有）相加，除以十二个月，得出月平均工资。
     
   • 对比最低工资标准：若计算出的月平均工资低于当地最低工资标准，需按最低工资标准主张经济补偿。
     
   • 保留证据：劳动者应保存劳动合同、工资支付记录、放假通知等证据，以备维权时使用。

总结：公司放假三个月后解除劳动关系，经济补偿的计算基数需根据放假期间工资支付情况确定。若公司支付了工资，则纳入计算；若未支付或支付不足，可能影响计算基数，但不得低于最低工资标准。劳动者应核实工资支付情况，并保留相关证据，以维护自身合法权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。