结论：在约定以审计结论结算的情况下，仍然有可能申请司法鉴定，但具体能否申请成功及鉴定的范围和效果，需根据合同条款的具体约定、审计结论的性质以及案件的具体情况来综合判断。

分析说明：

1. 合同条款的约定：

   • 如果合同中明确约定了以审计结论作为结算的唯一依据，并且没有预留申请司法鉴定的条款或空间，那么在这种情况下，申请司法鉴定可能会面临一定的困难。因为合同是双方意思自治的体现，一旦合同条款明确，双方应受其约束。
   • 如果合同中虽然约定了以审计结论结算，但同时也保留了因审计结论存在争议或错误时申请司法鉴定的权利，那么在这种情况下，申请司法鉴定就是有合同依据的，更容易得到支持。

2. 审计结论的性质：

   • 审计结论通常是由专业的审计机构或审计师根据审计程序和方法得出的，具有一定的专业性和权威性。但是，审计结论也可能存在错误或遗漏，特别是在审计过程中存在舞弊、疏忽或审计方法不当等情况下。
   • 如果审计结论存在明显错误或争议，且该错误或争议直接影响到结算的公正性和准确性，那么在这种情况下，申请司法鉴定以纠正审计结论的错误或澄清争议就是合理的。

3. 案件的具体情况：

   • 在某些案件中，即使合同中约定了以审计结论结算，但也可能因为审计机构的选择、审计程序的执行、审计证据的收集等方面存在问题，导致审计结论的公正性和准确性受到质疑。
   • 在这种情况下，申请司法鉴定可以对审计结论进行复核和验证，以确定其是否真实、准确、完整地反映了被审计对象的财务状况和经营成果。

法律建议：

• 在签订合同时，如果双方希望保留申请司法鉴定的权利，应在合同中明确约定相关条款，如“若对审计结论存在争议，双方同意委托司法鉴定机构进行鉴定”等。
• 在审计结论出具后，如果对其存在争议或认为其存在错误，应及时与审计机构沟通并要求其进行解释或更正。如果沟通无果，可以考虑申请司法鉴定。
• 申请司法鉴定时，应选择具有相应资质和经验的司法鉴定机构，并按照法定程序进行申请和鉴定。同时，应准备好相关证据材料，以支持自己的鉴定申请。

后续行动建议：

• 如果您正面临此类问题，建议您先仔细审查合同条款，了解双方关于审计结论和司法鉴定的约定。
• 然后，与审计机构沟通，了解审计结论的具体内容和依据，以及是否存在可能影响其公正性和准确性的因素。
• 最后，根据沟通结果和合同条款的约定，决定是否申请司法鉴定，并准备好相关证据材料。如有需要，可以直接向我咨询具体的法律程序和策略。