结论：在合同中约定以审计结果为准的情况下，一般仍可以进行司法鉴定，但需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定与司法鉴定的关系
合同自治原则：合同是双方意思自治的体现，合同中约定的条款对双方具有约束力。如果合同中明确约定了以审计结果为准，这通常意味着双方同意将审计结果作为结算或确定相关事项的依据。但这并不意味着排除了司法鉴定的可能性。
司法鉴定的独立性：司法鉴定是由专业的鉴定机构或鉴定人，依据科学、客观、公正的原则，对专门性问题进行鉴定并出具鉴定意见的活动。司法鉴定具有独立性，不受合同约定的限制。在合同纠纷中，如果一方对审计结果有异议，且该异议涉及专门性问题，如工程造价、工程质量等，可以向法院申请司法鉴定。
二、可以进行司法鉴定的情形
审计结果存在争议：如果双方对审计结果存在争议，且无法通过协商解决，一方可以向法院提起诉讼，并在诉讼过程中申请司法鉴定。法院会根据案件情况，决定是否准许司法鉴定申请。
审计程序违法或审计结果不公正：如果审计程序存在违法情形，或者审计结果明显不公正，如审计机构与一方存在利害关系、审计方法不科学等，受损方可以申请司法鉴定，以纠正不公正的审计结果。
合同未明确排除司法鉴定：即使合同中约定了以审计结果为准，但如果合同未明确排除司法鉴定的可能性，一方在符合法定条件的情况下，仍可以申请司法鉴定。
三、司法鉴定可能面临的限制
合同约定对司法鉴定的影响：虽然合同约定不能完全排除司法鉴定，但如果合同中明确约定了不得进行司法鉴定，或者对司法鉴定设置了严格的限制条件，法院在决定是否准许司法鉴定申请时，会充分考虑这些约定。
证据规则的限制：在诉讼过程中，证据的提交和认定需遵循证据规则。如果一方申请司法鉴定，但无法提供充分的证据证明审计结果存在争议或违法情形，法院可能不会准许司法鉴定申请。
四、法律建议
审查合同条款：在签订合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于审计和司法鉴定的约定。如果合同中约定了以审计结果为准，但未明确排除司法鉴定的可能性，建议在合同中增加相关条款，明确双方在审计结果存在争议时的解决方式。
及时申请司法鉴定：如果一方对审计结果有异议，且认为需要通过司法鉴定来解决问题，应及时向法院提起诉讼并申请司法鉴定。避免因拖延时间而导致证据灭失或鉴定难度增加。
咨询专业律师：在处理涉及审计和司法鉴定的合同纠纷时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据案件具体情况，提供针对性的法律建议和解决方案。
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