结论：合同约定以审计结果为准，并不完全排除司法鉴定的可能性，但具体能否进行司法鉴定，需结合合同条款的具体内容、审计结果的性质以及相关法律法规的规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的明确性与约束力
合同条款的明确性：如果合同中明确约定了以某一特定审计机构的审计结果作为结算或付款的依据，且该条款表述清晰、无歧义，那么双方通常应受该条款的约束。在此情况下，若一方对审计结果有异议，首先应考虑通过合同约定的争议解决方式（如协商、仲裁或诉讼中的特定程序）来寻求解决，而非直接要求进行司法鉴定。
合同条款的相对性：然而，合同条款虽然具有约束力，但并非绝对不可变更或突破。如果审计结果存在明显错误、不公正或违反法律法规的情况，受损方有权提出异议，并可能通过法律途径寻求救济，包括申请司法鉴定以确认实际损失或应付款项。
二、审计结果的性质与可鉴定性
审计结果的专业性：审计结果通常是由专业审计机构根据一定的审计标准和程序得出的，具有一定的专业性和权威性。但这并不意味着审计结果绝对正确或不可质疑。
司法鉴定的适用性：在特定情况下，如审计过程存在违规操作、审计依据不充分或审计结论与事实明显不符等，受损方可以申请司法鉴定来重新评估相关事项。司法鉴定机构将依据法律法规和专业知识，对争议事项进行独立、客观、公正的评估，并出具鉴定意见。
三、相关法律法规的规定
合同法的相关规定：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，当事人应当按照约定履行自己的义务。如果合同中明确约定了以审计结果为准，那么双方应遵守该约定。但同时，法律也保护当事人的合法权益，允许在特定情况下对合同条款进行变更或撤销。
审计与司法鉴定的关系：审计和司法鉴定是两种不同的专业活动，分别由不同的专业机构和人员承担。在合同纠纷中，如果审计结果成为争议焦点，且双方无法通过协商解决，那么受损方有权依法申请司法鉴定来维护自己的权益。
四、实际操作中的建议
审查合同条款：在面临合同纠纷时，首先应仔细审查合同条款，特别是关于审计和争议解决的部分，以明确双方的权利和义务。
收集证据材料：如果认为审计结果存在问题，受损方应及时收集相关证据材料，如审计报告、审计过程记录、相关凭证等，以支持自己的主张。
咨询专业律师：在处理复杂的合同纠纷时，建议咨询专业律师的意见。律师将根据具体情况提供法律建议，并协助当事人制定合适的诉讼策略。
进一步思考：在合同纠纷中，审计结果与司法鉴定并非相互排斥的关系。而是可以根据具体情况和需要，灵活运用这两种手段来维护当事人的合法权益。如果你在处理类似纠纷时遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。